В феврале 1936 года члены Союза — генералы Годед и Франко тайно пытались сорвать передачу власти кабинету Народного фронта. Слухи об их намерениях проникли в печать, и левые партии потребовали суда над заговорщиками. Асанья и Кирога не стали провоцировать нового скандала и без суда отправили генералов с понижением в почетную ссылку на окраины государства. Годеда военное министерство перевело на Балеарские острова (900 км от Мадрида), а Франко — на еще более отдаленные Канары (2000 км от Мадрида). Еще одного деятеля Союза — генерала Эмилио Молу направили из столицы в Наварру, группу ненадежных офицеров — в Марокко. Мадридское командование и военное министерство пополнили военными, чья верность Республике не вызывала сомнений. Заместителем военного министра назначили безбожника и к тому же приятеля Асаньи — полковника Эрнандеса Сарабию, командующим расквартированной в столице 1-й дивизией — тоже безбожника генерала Хосе Миаху.
С апреля 1936 года Союз серьезно занялся подпольной работой. Отныне офицерство взяло курс на государственный переворот и отстранение штатских от власти. Душой Союза стал генерал Мола. Дальновидный военный с богатым служебным опытом, он побывал ранее и на марокканском фронте, и в кресле министра внутренних дел, пробовал силы в военной теории. В небольшой аналитической книге «Опыты» (1932) Мола настаивал на замене неоднородной и слабо вооруженной испанской армии менее многочисленными, но обильно оснащенными новой техникой и тщательно обученными войсками, построенными на контрактной основе. Он выдвинул подобные идеи раньше немца Гудериана и француза де Голля.
Эмилио Мола стал главным координатором подготовки военного мятежа. Этот человек, с неброской внешностью, в очках с дешевой оправой, с постоянной усталостью на лице, скорее похожий не на военного, а на школьного учителя или бухгалтера, провел массу телефонных и телеграфных переговоров со всеми военными округами страны, с офицерством каждого корпуса и каждой дивизии. Он разослал участвовавшим в заговоре генералам, полковникам и майорам ясные и исчерпывающие предписания, что, кому и когда предпринимать. Мола достиг понимания с офицерами флота. Он встречался с вождями монархического движения Кастилии и Наварры, добиваясь единства действий. Соратники с уважением именовали Молу «Директором». Главным его уполномоченным был неутомимый андалузец полковник Варела.
Как рассчитывал Мола, военный мятеж по условному сигналу должен был начаться сразу во всех концах страны от Пиренеев до Марокко. Выступление намечалось на 17 часов 17 июля. Основная роль отводилась марокканским войскам и Иностранному легиону, вспомогательная — гражданской гвардии, Фаланге и ополчению наваррских и кастильских монархистов. Флоту надлежало перебросить находившиеся в Марокко войска в саму Испанию. Всем присоединившимся военным заговорщики обещали немедленное повышение в чине на одну ступень и прибавку к пенсии после отставки.
Всех штатских политиков следовало немедленно сместить, а при попытке сопротивления — лишить жизни. Партийных деятелей независимо от пристрастий надлежало арестовать и подвергнуть «показательным наказаниям».
Мадрид планировал провести согласованные удары сразу по нескольким направлениям. После захвата хотя бы части страны в Испанию должен был прибыть Санкурхо, чтобы принять верховное командование восстанием. Всякие переговоры с правительством исключались.
В отличие от «санкурхиады» 1932 года военный заговор 1936 года был тщательно законспирирован, и все же некоторые сведения о нем достигли сторонников Республики. Осведомителями правительства были коммунисты и немногочисленные демократически настроенные военные. Так, из Кадикса о готовящемся мятеже военному министерству сообщил командир крейсера «Республика». В первой половине июля сведения были переданы президенту и премьер-министру. В качестве ведущих заговорщиков были верно названы Мола, Варела, Годед, Франко и Ягуэ. Однако вожди Республики уклонялись от решительных контрмер. Делегации встревоженных коммунистов Кирога шутливо ответил:
Президент в Национальном дворце пошел дальше, посетовав:
Историки и публицисты с упоением писали о «слепоте» республиканских правителей, об их неумении сопоставить факты. Но левые республиканцы были опьянены триумфом над «санкурхиадой» и уверены в провале нового мятежа.