В ходе возобновившегося натиска националистов на Севере 26 апреля был разрушен ранее никому не известный городок Герника. Как и в Дуранго, в расположенной в 30 километрах от Бильбао Гернике не было войск и укреплений, но городок считался важной коммуникативной точкой. Кроме того, в нем работала ярмарка, и с воздуха было видно скопление народа, которое можно было с большой высоты принять за войсковую группировку. За один день Гернику бомбили несколько раз. К «Легиону Кондора» присоединилась итальянская «легионарная авиация». Всего в разрушении незащищенного городка участвовало свыше 40 бомбардировщиков — от «тримоторес» до новых «Хейнкелей-111». Невзирая на полное отсутствие противодействия, их прикрывало 20 истребителей — главным образом «Хейнкели-51» и «Фиаты-32». Среди истребителей были и только осваивавшиеся летчиками новые цельнометаллические монопланы «Мессершмитт-109».
Количество раненых и убитых жителей городка и его округи превысило 2500 человек. Среди погибших и пострадавших снова было много детей и священнослужители католической церкви.
Близ Герники в день ее гибели находилось несколько западноевропейских журналистов. Они тут же побывали на месте происшествия, расспрашивали уцелевших жителей и нашли осколки бомб германского производства. Их репортажи немедленно опубликовали крупнейшие информационные агентства разных стран. Среди очевидцев был мэр Герники. Группа баскских священников, многие из которых тоже побывали под бомбами, написала в Ватикан письмо протеста.
Бомбежка вызвала сильнейший отзвук во всем международном сообществе. Маленький городок в мгновение ока стал всемирно известным. Каталонец Пабло Пикассо вскоре написал картину «Герника», изобразив в аллегорической форме ужасы военных разрушений. Франко художник изобразил в виде мифического чудовища — Минотавра. «Герника» стала одной из известнейших в истории мировой культуры картин и действенным орудием антивоенной и антитоталитарной пропаганды.
В Саламанке и Бургосе чувствовалось замешательство. Информационная служба каудильо 27 апреля опубликовала бессвязное сообщение, гласившее, что Гернику «разрушили и сожгли отряды Агирре, чтобы свалить вину на националистов». Они якобы закладывали «динамитные заряды». Однако Герника была древней баскской столицей, в ней находился священный дуб, под которым древние баски некогда заседали и вершили суд. Ни один баск не выполнил бы приказа о разрушении города, если бы Агирре отдал его.
Днем позже националисты официально объявили, что 27 апреля их самолеты не поднимались с аэродромов и, следовательно, физически не могли бомбить городок. Однако Герника погибла 26-го числа. 4 мая дикторы Саламанки добавили: в Гернике «видны следы пожаров после недели артобстрелов и бомбежек». Город бомбили три с половиной часа. Но кто его бомбил — умалчивалось.
Через несколько месяцев информационные службы Франко сделали открытие — бомбили республиканские ВВС. Однако тогда же неназванный штабной офицер националистов поведал английским репортерам, рассказывая об участи жителей Герники:
Современные зарубежные историки в большинстве склоняются к выводу, что официальные заверения Франко о непричастности националистов к бомбардировке не были ложью. Из всех публикаций видно, что авиация, подчиненная генералу Кинделану, не участвовала в налете на Гернику.
Прямую ответственность несло командование «Легиона Кондора» во главе с Вольфрамом фон Рихтгофеном и его начальство в рейхе — штаб рейхсмаршала Геринга. Подчиненный только Берлину Рихтгофен, по всей вероятности, не потрудился известить Франко или Молу о намерении уничтожить Гернику. Он поставил их перед свершившимся фактом.
Каудильо же не хватило духу сообщить всему миру, что немецкие и итальянские летчики ему больше не подчиняются. Подобное заявление могло бы стоить ему уважения многих националистов и военной поддержки Гитлера и Муссолини.
Некоторые сражавшиеся в Испании германские пилоты, особенно будущий ас Второй мировой войны Альфред Галланд, выдвинули еще одну версию трагедии. По их словам, Гернику немцы разрушили без приказа, по ошибке из-за плохих бомбовых прицелов. Однако эта версия тоже повисает в воздухе. Ведь «ошибка» продолжалась несколько часов…
В политическом плане разрушение Герники стало проигрышем испанских националистов и германских нацистов. Оно принесло им ненужные осложнения. Оно окупилось только в узко военном отношении. На другой день после зверского налета наваррские бригады заняли развалины Дуранго и Герники. Подавленные разгромом баскские части без боя оставили выгодные естественные рубежи вокруг городка. Националисты форсировали устье реки Герники и захватили порт Бермео.
Отход республиканцев к Железному поясу ускорялся. Оборона Бискайи дала трещину.