После заключения союза все три армии двинулись на Рим. Из каждой был выделен один легион, который во главе с командующим вступал в город. Сразу же после оккупации Рима собственными легионами народный трибун Публий Тиций созвал народное собрание и предложил без всякого обсуждения принять закон, по которому создавалась комиссия из трех лиц, т. е. Лепида, Антония и Октавиана, для упорядочения республики, которой вручалась высшая власть сроком на пять лет. Таким образом, второй триумвират превращался из соглашения трех друзей в официальное государственное учреждение. И первым своим делом триумвиры сочли необходимым ввести по примеру Суллы проскрипции. В изданном по этому случаю эдикте первым стояло имя Лепида. И ему было предложено первым внести в проскрипционный список тех, кого он считает необходимым приговорить к смерти. Союзники как бы предоставляли инициативу оформления террора Лепиду. И он первым включил в этот список своего сводного брата Лепида Павла, вменив ему в вину то, что тот голосовал в сенате за объявление Антония и Лепида вне закона. Правда, одновременно он дал солдатам тайный приказ пощадить Павла, и тот сумел бежать в Азию и затем поселился в Милете. Позже, когда проскрипции были отменены, триумвиры приглашали Павла вернуться в Рим, но он не захотел и остался в Милете до конца жизни. Вместе с братом Лепид включил в проскрипционный список и его сына, который тоже, однако, избег смерти, может быть, не без помощи дяди, а позже даже сумел достичь должностей консула и цензора.
По решению триумвиров Лепид стал консулом в 42 г. до н. э. Это было его второе консульство. Его коллегой стал Люций Мунаций Планк, который в свое время был одним из восьми префектов города, управлявших им вместе с Лепидом. Позже Планк управлял завоеванной Цезарем Галлией, в то время как Лепид был наместником уже давно подчиненной части этой страны. По решению Цезаря Лепид и Планк вместе основали колонию Лугдун (Лион) почти на границе между провинциями обоих. Будучи довольно близким к Цицерону, Мунаций Планк отказался, однако, участвовать в войне против Антония, а затем триумвиров, чем и заслужил благодарность последних. Так что оба консула уже давно сотрудничали друг с другом. Триумвиры решили, что Лепид останется в Риме осуществлять руководство государством и обеспечивать порядок в Риме и Италии, а Антоний и Октавиан отправятся на войну с республиканцами. Для этого Лепид должен был передать им большую часть своей армии, оставив в своем распоряжении только три легиона для сохранения порядка.
Лепид мог быть счастлив. Он был не только триумвиром, но и консулом. В эдиктах триумвиров его имя упоминалось первым. После отъезда Антония и Октавиана на Балканский полуостров он оставался без друзей-соперников. Планк таким соперником явно быть не мог. Правда, и действовать особенно ему не приходилось, ибо предшествующие репрессии триумвиров привели практически к полному уничтожению и в Италии, и тем более в самом Риме, всякого намека на оппозицию, не говоря о настоящем сопротивлении. По Италии в это время уже бродили шайки беглых рабов, дезертиров, проскрибированных, но пока они не представляли серьезной опасности. В действительности же это консульство стало началом заката Лепида. Он был почти без войска и без ветеранов, которые могли бы стать его опорой в обществе. Не было у Лепида и настоящей военной славы. Встав во главе государства, он устроил себе триумф по случаю побед в Испании и приказал всем его торжественно праздновать под угрозой внесения в проскрипционные списки. Это вызвало еще большую ненависть к нему римлян. В Риме говорили, что именно жадность Лепида стала причиной проскрипций. И все это проявилось очень скоро.