В 36 г. до н. э. Октавиан задумал новую войну с Секстом Помпеем. И он снова обратился к Лепиду за помощью. На этот раз Лепид согласился помочь. С одной стороны, предполагаемый союз с Антонием так и не состоялся, так что рассчитывать на его поддержку Лепид не мог. С другой — в распоряжении Лепида к тому времени находились уже довольно значительные силы, которые могли ему позволить играть в предстоящей кампании самостоятельную роль. И Лепид двинулся на Сицилию из Африки со своим огромным флотом из 1000 транспортных и 70 военных кораблей, на которых он переправил на остров свои 12 легионов и 5 тысяч нумидийских всадников со всем необходимым и довольно обильным снаряжением. Несколько позже к нему присоединились еще четыре легиона. Правда, это подкрепление потерпело поражение в морском сражении, но спасшиеся два легиона соединились с армией Лепида. Лепид высадился около Лилибея и начал свой поход. Решающие сражения происходили на севере острова, в основном на море, где флот Октавиана под командованием Агриппы одержал полную победу. Растерявшийся Помпей вызвал из Лилибея свои войска, стоявшие там под командованием Плиния Руфа, но, не дождавшись их, засел в Мессине. Лепид сразу же воспользовался этим и, освободившись от угрозы со стороны Плиния, двинулся к Мессине, которую и осадил вместе с силами Агриппы. К этому времени сам Помпей уже бежал из Мессины, а командование гарнизоном принял на себя Плиний. Он и заключил соглашение с Лепидом, не только впустив его солдат в город, но и получив разрешение на участие своих воинов в грабеже города вместе с воинами Лепида. Агриппа пытался помешать этому соглашению, призывая подождать прибытия Октавиана, но Лепид, почувствовав себя снова «на коне», стал действовать совершенно самостоятельно. Остатки армии Помпея перешли к нему, и теперь он располагал 22 легионами пехоты и значительной конницей. По сравнению с армией Октавиана перевес сил был на его стороне. Казалось, снова наступил его звездный час. Предвидя возможное сопротивление Октавиана, Лепид даже стал готовиться к войне с ним. Он приказал стоявшим в городах гарнизонам не впускать туда войска Октавиана, а сам занял все удобные проходы.
Приняв такие меры и уже чувствуя себя достаточно сильным, Лепид потребовал от Октавиана восстановления своих прав триумвира. Сравнительно недавно полномочия триумвирата были продлены еще на пять лет, и поскольку об официальном исключении Лепида из этой «комиссии трех» ничего не сообщалось, то, естественно, это решение распространялось и на него тоже. Так что речь шла не о включении Лепида в триумвират, из которого его никто и не исключал, а о возвращении фактического положения. Но пойти на это Октавиан не мог, ибо уже сама попытка заключения союза между Антонием и Лепидом создавала угрозу, что в триумвирате эти двое могут оттеснить его, Октавиана, на второстепенные позиции. Ввиду явного неравенства наличных сил Октавиан пошел на риск. Он сам явился в лагерь Лепида, чтобы убедить его отказаться от своего требования. Лепид, естественно, настаивал на своих правах и вступил в открытый конфликт с Октавианом. Но он недооценил своего коллегу, а теперь и противника. Октавиан не стал вступать с ним в открытую конфронтацию, а начал исподволь разлагать войска Лепида. Солдаты Лепида не хотели возобновления гражданской войны, а обаяние имени Цезаря, которое носил Октавиан как его приемный сын, да к тому же известная нерешительность Лепида в критические моменты, привели к тому, что многие его воины начали переходить на сторону Октавиана. Когда Лепид узнал об этом, было уже поздно. Он еще попытался что-то сделать. Когда Октавиан вторично явился в его лагерь и многие солдаты уже приветствовали его как своего командующего, телохранители Лепида напали на стражу Октавиана и даже нанесли удар по панцирю самого Октавиана, так что тот бежал из лагеря. Но это не остановило переход воинов Лепида к его сопернику, а попытка Лепида остановить уходящих солдат только вызвала с их стороны раздражение и угрозы физической расправы. И Лепид понял, что он окончательно проиграл. Сняв наряд полководца и облачившись в траурную одежду, он сам явился в лагерь Октавиана и стал умолять его о пощаде.
Октавиан решил проявить милосердие. С одной стороны, события показали, что Лепид не имеет никакой поддержки в воинской среде, так что в этом отношении он совершенно не опасен, а его надменное поведение во время осуществления власти в Риме привело к тому, что и тамошнее общественное мнение от него полностью отвернулось. С другой — Лепид все же обладал саном верховного понтифика, и казнь человека, занимавшего столь высокий пост в культовой системе Рима, означала бы слишком кричащий вызов римским традициям, чего Октавиан никак не желал. Поэтому он согласился сохранить Лепиду не только жизнь, но и имущество, а так как сан верховного понтифика был пожизненным, то и его он тоже за ним сохранил. Но Лепид должен был уехать в свое имение около города Цирцеи в Лации и жить там под надзором, т. е. фактически под домашним арестом.