После смерти Платона в 347 г. (это был и год разрушения Стагира Филиппом II) Аристотель покинул Академию и Афины. Возможно, он рассчитывал стать преемником Платона и его постигло разочарование, когда главой Академии оказался племянник Платона Спевсипп. Нам неизвестно, кем было принято решение избрать Спевсиппа - самим Платоном или же членами Академии. Не знаем мы и того, чем объяснялся этот выбор, - может быть, желанием, чтобы собственность Платона осталась в его семействе. Во всяком случае, несомненно, что в качестве возможных преемников наряду со Спевсиппом рассматривались Аристотель и Ксенократ. Причем маловероятно, чтобы кандидатура Аристотеля была отклонена из-за недостатка ортодоксии, поскольку Спевсипп также отвергал классические понимание теории идей, а Ксенократ, тоже не удостоенный преемничества, кажется, был самым ортодоксальным платоником (впрочем, в 339-338 гг. он станет преемником Спевсиппа, третьим схолархом Академии). Не исключено, что Аристотель оставил Академию просто потому, что вынужден был покинуть Афины, обеспокоенный антимакедонскими настроениями, распространившимися после разграбления Олинфа в 348 г.
Но все это лишь догадки. Единственный достоверный факт - то, что в конце 347 г. Аристотель находился в Лидии - области на западе Малой Азии. С ним был Ксенократ, может быть, его неудачливый соперник в наследовании должности схоларха. Оба они, вероятно, откликнулись на приглашение своего давнего соученика по Академии Гермия, ставшего тираном Атарнея. На побережье Малой Азии появились многочисленные платонические кружки, в особенности в Троаде - в Скепсисе и Ассосе. В Ассосе Аристотель и провел следующие три года. Возможно, именно там он познакомился с Теофрастом из Эреса, который в дальнейшем стал его сотрудникам и другом, а затем и преемником во главе Ликея, философской школы, основанной Аристотелем в Афинах (несколько лет спустя). Пребывание в Ассосе, по-видимому, совпало с периодом напряженной философской деятельности: Аристотель постепенно утверждал свою независимость от платонизма. В эти годы он занимался также биологическими изысканиями и проявлял живой интерес к естественным наукам.
Период жизни Аристотеля, последовавший за тремя годами пребывания в Троаде, менее известен. Философу, вероятно, пришлось покинуть Ассос тогда, когда был казнен выданный персам Гермий. Из Ассоса Аристотель отправился в Митилену, затем на остров Лесбос. Там он вместе с Теофрастом проводил многочисленные научные исследования. По-видимому, именно в эту пору он женился в первый раз - на Пифиаде, родственнице Гермия. В 343/342 г. македонский царь Филипп пригласил Аристотеля воспитывать своего сына Александра, которому было тогда четырнадцать лет. Чем руководствовался Филипп, можно только гадать. Сорокалетний Аристотель еще не основал собственной школы, но уже пользовался определенной известностью. На этот выбор, видимо, повлияли и старые связи семейства Аристотеля с македонским двором, и то, что Аристотель учился в платоновской Академии, школе, которая в те времена славилась широкими исследованиями в сфере государственного правления. Диоген Лаэртский пишет, что Аристотель попросил Филиппа II восстановить его родной город Стагир, разрушенный несколькими годами ранее, и просьба была удовлетворена (V, 4).