Существовавшие учреждения Клисфен в общем оставил в том виде, как он их застал. Таким образом, архонты по-прежнему сохранили свое положение во главе государства. Правда, теперь, после продолжительного периода тирании, их компетенция представляла уже лишь тень того, чем она была при Солоне. Полемарх лишился начальства над войском и в сущности был только правительственным чиновником, хотя по имени он все еще оставался высшим военачальником. Военная власть, находившаяся прежде в руках тиранов, была теперь возложена на новообразованную коллегию десяти стратегов, из которых каждый выбирался своею филой и на войне командовал ее отрядом, между тем как в главном начальстве над всем войском стратеги сменялись каждый день по очереди. Полемарх председательствовал в этой коллегии и занимал в сражении почетное место на правом фланге.
Наконец, чтобы устранить всякую возможность восстановления тирании, Клисфен учредил остракизм. Каждой весною народ должен был решать голосованием, представляет ли кто-нибудь из граждан опасность для свободы. Если большинство давало утвердительный ответ, то созывалось второе собрание, в котором всякий афинянин надписывал на табличке —
Ясно, что реформа Клисфена была еще очень далека от того, что спустя пятьдесят лет называли в Греции демократией. Привилегии по имущественному цензу, установленные Солоном, остались в силе и теперь; поэтому впоследствии афинские олигархи ставили себе целью возвращение к конституции Клисфена. Но в свое время эта реформа представляла значительный прогресс и нанесла тяжелый удар консервативной аристократической партии. Последняя не была в состоянии собственными силами бороться с демосом, которым руководил Клисфен, поэтому она прибегла к тому же средству, которое незадолго перед тем употребил Клисфен против Писистратидов, именно обратилась за помощью к Спарте.
Действительно, спартанская олигархия имела полное основание смотреть подозрительно на демократическое развитие, которое начало обнаруживаться в только что освобожденной Аттике. Царь Клеомен I еще раз предпринял поход в Афины и без труда добился изгнания Клисфена и его главных приверженцев (508 г.); поводом к этому послужило старое обвинение в святотатстве, тяготевшее над Алкмеонидами еще со времени восстания Килона (выше, с.275). Предводитель консервативной аристократии Исагор, в качестве первого архонта, стал во главе правительства. Но когда одержавшая верх партия сделала попытку уничтожить и клисфеновскую конституцию, демос восстал: Клеомен и Исагор были заперты в крепости и уже на третий день вынуждены капитулировать под условием свободного отступления. Теперь вернулись Клисфен и остальные изгнанники. Ясно было, впрочем, что этим успехом достигнуто очень мало. Если бы Спарта взялась теперь за дело серьезно и переправила через Истм сильное войско, то аттической демократии, казалось, грозила неминуемая гибель. В Греции не у кого было искать помощи; напротив, кроме Спарты, Афины вели в это время войну еще со своим сильным соседом на севере, с Беотийским союзом, из-за Платеи, которая, отложившись от Фив, искала и нашла помощь у Афин. Поэтому они обратились к Артафрену, персидскому сатрапу Сард; и когда он в награду за свое содействие потребовал подчинения персидскому царю, афинские послы, не задумываясь долго, согласились на его требование — шаг, которому народ впоследствии отказал в ратификации, когда миновала опасность со стороны Пелопоннеса.