Между тем, еще во время Элейской войны, отношения Спарты к Персии приняли такой оборот, в сравнении с которым все другие интересы отошли на задний план. Договор, заключенный зимою 412/411 г. между пелопоннесцами, с одной стороны, Тиссаферном и Фарнабазом, с другой, заключал в себе, по вопросу о разграничении владений обеих сторон, лишь совершенно общие определения, которые допускали самые произвольные толкования и давали повод к бесконечным спорам (выше, с.44 и след.). Когда летом 407 г. сардская сатрапия перешла к Киру, заключен был, по-видимому, новый договор, которым категорически признавалось персидское господство над городами Ионии; впрочем, фактически города и теперь оставались во власти лакедемонских навархов.
Спустя два года, летом 405 г., Кир за самовластный образ действий был отозван к царскому двору; перед отъездом он санкционировал установившееся положение вещей и поручил Лисандру управление ионийскими городами. В следующем году умер царь Дарий II, оставив трон своему старшему сыну Артаксерксу II. Тщетно пыталась царица Парисатида доставить престол своему любимцу Киру, Артаксеркс даже намеревался казнить брата, как это было в обыкновении у персов при спорах о престолонаследии. Но мольбы матери спасли Кира от смерти; мало того, Артаксеркс даже согласился снова вернуть брату его малоазиатскую сатрапию. Ему скоро пришлось раскаяться в своей уступчивости.
Ибо чувство благодарности было так же чуждо Киру, как и чувство верности по отношению к главе своего дома. Тотчас по возвращении в свою сатрапию он начал готовиться к походу против брата; при этом он мог рассчитывать на поддержку Спарты, которой он оказал такие важные услуги в ее войне с Афинами. Действительно, спартанцы немедленно отозвали свои гарнизоны из городов ионийского побережья и передали эти пункты Киру, хотя царь распорядился причислить Ионию к сатрапии Тиссаферна; предлогом к этой мере послужило желание населения подчиняться лучше Киру, чем Тиссаферну. Только Милет был с помощью демократической партии взят Тиссаферном, который затем изгнал из города вожаков олигархической партии. Изгнанники бежали к Киру; он отправил войско и эскадру против Милета, приказав обложить город с суши и с моря (402 г.). Война с Тиссаферном давала Киру желанный предлог вербовать многочисленных наемников по всей Греции. При дворах малоазиатских сатрапов давно были убеждены в безусловном превосходстве греческих гоплитов над азиатской пехотой; поэтому Кир решил собрать возможно более многочисленное греческое наемное войско, чтобы при его помощи свергнуть своего брата Артаксеркса. Людей, готовых вступить к нему на службу, было теперь, когда в Греции царил мир, более чем достаточно; а Кир был настолько богат, что мог платить щедро. Таким образом, собрано было наемное войско, равного которому по численности мир еще не видел. Весною 401 г. Кир имел возможность выступить в поход против Артаксеркса во главе 9—10 тыс. гоплитов и свыше 2 тыс. пелтастов.
Если до сих пор Спарта тайно оказывала Киру всяческое содействие и, главное, не препятствовала вербовке наемников, то теперь она открыто стала на сторону претендента. Наварху Самию было приказано отдаться со своей эскадрой из 35 триер в распоряжение Кира; отряд в 700 гоплитов под начальством Хейрисофа был послан в Киликию и здесь соединился с Киром, который между тем, не встречая сопротивления, прошел через теснины Тавра. В дальнейшем движении через Сирию и Месопотамию армия также не встретила сопротивления со стороны неприятеля; единственным осложнением оказался отказ наемников перейти через Евфрат, когда они там наконец узнали, что поход направлен против царя. Но и это препятствие, грозившее расстроить все предприятие, было благополучно устранено благодаря усердию офицеров и обещанному Киром увеличению жалованья; таким образом, спускаясь вниз по Евфрату, армия осенью пришла в Вавилонию. Только здесь, почти под воротами Вавилона, при деревне Кунакса, Артаксеркс выступил навстречу неприятелю. Левое крыло царской армии, под предводительством Тиссаферна, было почти без боя обращено в бегство атакой эллинов. На противоположном же крыле Кир, сражавшийся во главе своей конницы против гораздо более многочисленного войска своего брата, пал в рукопашном бою; его азиатские полчища расстроились, его лагерь сделался добычей царя. Затем последний ударил на победоносных эллинов; но персы и в этот раз не устояли, и с наступлением ночи эллины торжествовали победу (поздним летом 401 г.).