Но эта победа была бесплодна, потому что со смертью Кира все предприятие потеряло свой смысл. Персидские офицеры Кира и их отряды подчинились царю, и эллины оказались изолированными в неприятельской стране. Их положение сделалось почти безнадежным, когда вскоре после сражения Тиссаферну удалось изменнически захватить большинство начальников греческой армии. Однако эллины и теперь не потеряли присутствия духа; тотчас были избраны новые полководцы, в том числе афинянин Ксенофонт, дельный офицер, получивший также философское образование в школе Сократа. Главным образом благодаря его благоразумному образу действий армия после четырехмесячного перехода через Ассирию и суровые плоскогорья Армении достигла наконец при Трапезунте берега Черного моря (приблизительно в феврале 400 г.); правда, численность ее понизилась с 13 тыс. до 8 тыс. 600 человек. Отсюда войска пошли вдоль берега к Котиоре, здесь были посажены на корабли и осенью прибыли наконец в Византию.
Здесь армия встретила очень холодный прием со стороны спартанских военачальников; Спарта все еще надеялась на возможность избегнуть разрыва с Персией, и тем менее была склонна протянуть руку войскам Кира, что сознавала, какую существенную поддержку она оказала предприятию, направленному к низложению Артаксеркса. Однако влияние событий и в этот раз оказалось сильнее, чем воля правителей. Тиссаферн первый сообщил царю точные сведения о приготовлениях Кира и их цели; затем он храбро сражался при Кунаксе и в награду за верность снова получил свою старую сатрапию Лидию. Сарды и остальные города центральной части страны подчинились ему без сопротивления; адмирал Кира Тамос бежал с флотом на свою родину, в Египет. Таким образом, греческие города побережья были предоставлены самим себе; но и теперь, как четыре года назад, они не имели охоты признать над собою власть Тиссаферна. Поэтому они обратились за помощью в Спарту, где их просьба не встретила отказа. Сначала спартанское правительство думало выступить посредником между враждующими сторонами; но когда Тиссаферн, несмотря на протест Спарты, перешел в наступление и начал осаждать Киму, Спарта долее не могла оставаться безучастной зрительницей. Еще летом 400 г. спартанский полководец Фиброн с 5 тыс. пелопоннесских гоплитов и тремястами афинских всадников отправился в Эфес, присоединил к себе здесь еще 2000 человек из ионийских городов и завладел Магнесией на Меандре. Так как открытый город трудно было защищать, то Фиброн переселил жителей на предгорья соседней горы Форакса и здесь, на крепкой позиции, основал новую Магнесию. Но когда вслед затем явился Тиссаферн во главе многочисленной конницы, Фиброн не мог устоять против него в открытом поле и принужден был ограничиться обороной укреплений. Поэтому он весною принял на службу наемное войско Кира, заключавшее в себе еще около 6 тыс. человек, которое в течение зимы находилось на службе у фракийского царя Севта. Теперь Фиброн снова мог перейти в наступление; Пергам и соседние города Тевфрания, Галисарна, Гамбрейон, Мирина перешли на его сторону, но эолийская Лариса оказала энергичное сопротивление, так что в конце концов он принужден был прекратить осаду города.
Между тем окончился служебный год Фиброна и начальство над войском в Азии принял Деркилид. Он считался одним из способнейших спартанских офицеров и был знаком с азиатскими делами еще со времени Пелопоннесской войны. Новый главнокомандующий немедленно заключил перемирие с Тиссаферном и обратил свое оружие против Фарнабаза, который был совершенно ошеломлен неожиданным нападением. Восьми дней оказалось достаточно, чтобы освободить всю Троаду от персидского владычества и принудить Фарнабаза к заключению перемирия до весны. На зимние квартиры Деркилид расположился в вифинской области, чтобы не обременять союзников содержанием своей армии.
Таким образом, освобождение греческих городов Малой Азии было в главных чертах закончено, потому что важнейшие пункты на Пропонтиде и на Геллеспонте, — Калхедон, Кизик, Лампсак, Абидос — вообще никогда не подпадали под владычество Фарнабаза, и Книд также, по-видимому, отстоял свою независимость против покушений Тиссаферна. Теперь необходимо было упрочить эти успехи посредством договора с персидским царем; поэтому весною 398 г. было возобновлено перемирие с Фарнабазом и Тиссаферном и отправлено спартанское посольство к великому царю. Между тем Деркилид перешел на фракийский Херсонес и фортификационною линией, проведенной от моря до моря, обеспечил полуостров против вторжений хищных обитателей материковой Фракии. Осенью, по окончании этих работ, спартанский полководец двинулся к Атарнею, на противолежащем Митилене берегу, где все еще держались хиосские эмигранты, изгнанные некогда Кратесиппидом; город оказал упорное сопротивление и сдался лишь после восьмимесячной осады (весною 397 г.).