Аристотель занимался и ботаникой, хотя гораздо менее обстоятельно, чем зоологией. Лишь его ученик Теофраст после смерти учителя в своих двух обширных сочинениях „История растений" и „Причины растений" подвел итоги познаниям по ботанике, какие накопились до его времени. Правда, его работы далеко уступают исследованиям Аристотеля в области зоологии. Это объясняется не меньшей гениальностью Теофраста, а тем, что в области ботаники науке приходилось решать гораздо более трудные проблемы, ибо в то время, как аналогия с человеком дает нам ключ к пониманию органов остальных видов животного царства, растительное царство совершенно чуждо нам. Сюда присоединялось еще то обстоятельство, что медицина обстоятельно изучала животных, растениями же занималась лишь постольку, поскольку они были пригодны для фармацевтических целей. Так, важнейшие органы растений — половые органы— Теофраст совсем не признал за таковые; точно так же он ничего не знал о семядолях. Вследствие этого он не пошел дальше первых начал морфологии и физиологии растений. Его систематика также носит совершенно внешний характер; он ограничивается делением растительного царства на деревья, кустарники, полукустарники и травы. Эти недостатки до известной степени искупаются обилием сообщаемых им сведений по ботанической географии и по истории культуры, причем кропотливое трудолюбие, тонкая наблюдательность и критическое чутье автора равно достойны удивления.
Ввиду этих успехов естествознания для философии становилось все менее возможным сохранять то отрицательное отношение к нему, в какое она стала со времени софистов и Сократа. Уже Платон под старость должен был признать это; но, к сожалению, он подпал влиянию пифагорейского учения, с которым близко познакомился во время своих поездок в Сицилию. Он сделал попытку сочетать мистику чисел, учение о гармонии и астрономию со своим учением об идеях, и в результате получилась, конечно, неимоверная путаница, смущавшая самого Платона. Его племянник Спевсипп, грубый и умственно ничтожный человек, который после смерти учителя (347 г.) именно из-за этого родства с ним был избран главой школы, совершенно отверг учение об идеях и всецело отдался мистике чисел. Напротив, его преемник Ксенократ из Калхедона (с 339 г.) удержал связь между идеями и пифагорейским учением о числах, но при этом создал дикую теологическую систему, где нашли себе место добрые и злые демоны и даже животным приписывалось сознание существования божества. Таким образом, Академия все более приходила в упадок, пока ее учение в лице Аркесилая не слилось со скептицизмом.