Медицина также не была задержана в своем развитии тем приговором умозрительной философии, которым всякое истинное познание природы признавалось невозможным. Правда, неосновательность тех философских систем, какие до сих пор были выставлены для объяснения явлений природы, должна была быть особенно ясна для врачей, в силу своей профессии принужденных постоянно производить наблюдения. Действительно, гиппократовская школа очень резко полемизировала против натурфилософии в том виде, в каком она являлась, например, у Эмпедокла. Но она была далека от мысли отвергать вместе с ложным и ту долю истины, которая заключалась в прежних теориях; она боролась только против произвольных, недоказуемых гипотез, но не против принципа, на котором были основаны эти гипотезы. Так, в книге „О старой медицине" говорится: „Если кто-нибудь произносит какое-либо суждение о небесных телах или о том, что происходит после нашей смерти, то ни он сам, ни его слушатели не знают, правильно ли это суждение или нет. Медицина же издревле располагает всем — как принципом, так и методом, которым уже в течение долгого времени было сделано много важных открытий и будет найдено также все остальное, если способные люди, усвоив содержание своей науки, будут продолжать ее разработку на этой основе". Этим был намечен единственный путь, на котором возможно было плодотворное развитие науки.
Сама медицина, правда, на первых порах принимала в этом движении сравнительно малое участие. Здесь гений Гиппократа затормозил развитие. Учение Гиппократа сохраняло каноническое значение для его учеников, почему последние получили у позднейших историков медицины общее название догматиков. Между ними было, разумеется, немало хороших практических врачей; таковы сыновья Гиппократа Фессал и Дракон, его зять Полиб, его правнуки (от Фессала) Горгий, Дракон и Гиппократ. Более выдающимися медиками были Праксагор из Коса и Диокл из Кариста, жившие в эпоху Александра и первых диад охов; они деятельно подвизались и в научной области. Авторитет Гиппократовой школы оставлял в тени Книдскую школу. Знаменитейшими представителями последней были в это время Эвдокс, обязанный своей известностью, впрочем, более своим исследованиям в области математики и астрономии, чем своей врачебной деятельности, и его ученик Хрисипп. Обе школы продолжали стоять в оппозиции друг к другу и в александрийский период; из двух великих врачей конца IV и начала III века, положивших начало новой эпохе в области медицины, один — ученик Праксагора Герофил — примкнул к Гиппократу, другой — ученик Хрисиппа Эрасистрат — резко восстал против гиппократовского учения. В конце концов победа осталась, как известно, за школой Гиппократа.
Точно так же и анатомия в общем не сумела освободиться от уз гиппократовского учения, несмотря на целый ряд частичных приобретений, которыми она была обязана преимущественно Праксагору. Врачи все еще боялись вскрывать человеческие трупы, и лишь Эрасистрат и Герофил сумели преодолеть этот предрассудок. Поэтому более правильные воззрения очень медленно пролагали себе путь; еще Праксагор учил, что нервы выходят из сердца, и даже Аристотель не признавал мозга органом мышления.
Больших успехов достигла зоология. С тех пор, как Алкмеон и Демокрит основали эту науку, был накоплен огромный запас наблюдений, который затем был разработан Аристотелем в его „Истории животных" и в трактатах „О частях животных" и „О возникновении животных" и др. В этих сочинениях Аристотель дал курс сравнительной анатомии, курс физиологии, где особенное внимание обращено на воспроизводительный процесс, и очерк основных законов психологии животных. Естественная система животного царства, предложенная им здесь, в своих основных чертах удержалась до настоящего времени, а в отделе о низших животных оказывается более совершенной, чем даже система Линнея.