Теперь персидские адмиралы более не могли думать и о продолжении наступательных действий против Греции; получив известие о поражении, они тотчас ушли со своим флотом обратно в Азию. Царь Агис едва сумел получить 10 триер и 30 талантов; впрочем, и он не осмеливался в эту минуту начать войну против Македонии. Фарнабаз с 12 кораблями и 1500 наемников отправился к Хиосу и прибыл как раз вовремя, так что еще успел предупредить отложение острова к Александру; Автофрадат с остальным флотом ушел в Галикарнас, где и остался на всю зиму. Но с открытием навигации его флот распался; финикийцы ушли в свою страну, которая между тем была занята Александром; кипрская эскадра тотчас последовала их примеру. Вследствие этого персидские адмиралы были лишены возможности преградить путь македонскому флоту, который в течение зимы снова был доведен до 160 триер и с наступлением весны вышел в море под начальством Гегелоха и Амфотера. Он освободил Тенедос и затем пошел к Хиосу, где народ при его появлении восстал против Фарнабаза и открыл македонянам городские ворота; гарнизон, состоявший из трех тыс. греческих наемников, был взят в плен, 42 триеры сделались добычей победителей. Затем Гегелох со ста кораблями подступил к Митилене, которую занимал от имени Дария Харес с двумя тыс. человек; старый вождь наемников сдался под условием свободного отступления и удалился на афинский остров Имброс; власти над Сигейоном, которую Александр оставил ему два года назад, он, конечно, лишился, став на сторону персов. Теперь и мелкие города Лесбоса примкнули к македонянам и выдали Гегелоху своих тиранов, навязанных им персами. Тем временем Амфотер с 60 кораблями двинулся к Косу и освободил и этот остров от персов; точно так же сдались и города карийского побережья, которые были заняты еще Оронтобатом. Родос уже ранее перешел на сторону Александра. Таким образом, все западное побережье Малой Азии и предлежащие ему острова были отняты у персов, и персидский флот на Эгейском море истреблен, за исключением небольшой части, бежавшей к Криту. Знатных пленников Гегелох еще осенью отвез к Александру, который в это время находился в Египте. Хиосских олигархов царь сослал в Элефантину на эфиопской границе; лесбосские тираны были выданы для наказания тем городам, над которыми они властвовали. Здесь они были судимы народным судом и по его приговору казнены, что по представлениям греков было законно и справедливо. Митилена в награду за геройское сопротивление, оказанное ею Мемнону, получила участок земли на противолежащем Лесбосу материке.
Сам Дарий также был сильно потрясен поражением; но первою его мыслью было, разумеется, освободить из плена свою мать, жену и детей. Уже спустя немного дней после сражения, когда Александр стоял в Марафосе в северной Финикии, Дарий сделал попытку завязать переговоры, и Александр не отверг его предложений. Ввиду этого Дарий отправил к Александру посольство с формальным предложением мира; он предлагал уступить все азиатские области, лежавшие к западу от Евфрата, и уплатить за освобождение своей матери и жены выкуп в 10 ООО талантов; в залог мира он предлагал Александру жениться на одной из его дочерей. Еще никогда ни один персидский царь не унижался до такой степени; и действительно, предложенные им условия были очень выгодны. Но тем временем положение дел сильно изменилось к выгоде Александра. Он стоял теперь перед Тиром, материковая часть Финикии и Кипр покорились, персидский флот в Эгейском море распался, опасность восстания в Греции была устранена, успешное сопротивление со стороны Персии сделалось невозможным и завоевание всей монархии являлось еще только вопросом времени. А между тем было ясно, что урезанная Персия всегда будет стремиться вернуть себе приморские провинции; даровать теперь мир Дарию значило отсрочить решение, пока Персия лучше приготовится к борьбе. Ввиду этого Александр отверг предложения Дария и потребовал безусловного подчинения.
Теперь Дарию III не оставалось другого исхода, как продолжать борьбу, обратив на нее все силы, какие еще оставались в его распоряжении. Поэтому он собрал остатки своей разбитой армии и вытребовал новые войска из всех частей своего обширного государства, вплоть до Индии и Бактрии. И вот собрались огромные полчища; но это были почти исключительно азиатские войска, потому что из числа греческих наемников за царем во время его бегства последовало лишь 2—3 тыс. человек, а новый набор невозможно было произвести, так как побережье находилось во власти Александра. Зато предполагалось избегнуть теперь тех ошибок, которые повлекли за собою поражение при Иссе; царь решил дожидаться Александра на обширной ассирийской равнине, где он мог вполне воспользоваться своим количественным перевесом и особенно своей конницей.