А в это же время в Афинах царь Эгей попал под власть волшебницы Медеи, нашедшей у него приют и надеявшейся, что ее сын от Эгея, Мед, получит право на престол. Тесей явился в восьмой день месяца Гекатомбеона в Афины как освободитель от чудовищ, прекрасный и юный, однако не был узнан Эгеем, которому Медея внушила опасения к пришельцу и заставила Эгея опоить юношу ядом. За трапезой Тесей вытащил свой меч, чтобы разрезать мясо, и отец узнал сына, отшвырнул чашу с ядом и, обрадованный, представил Тесея афинянам. По иной версии, Эгей отправил незнакомца на охоту за Марафонским быком, разорявшим поля, и, когда Тесей одолел его, на пиру преподнес ему яд, но тут же узнал сына и изгнал Медею (Аполлод. Эпит. I 5-6). Тесею пришлось также бороться с пятьюдесятью Паллантидами, которым он устроил засаду, истребив двоюродных братьев. Так Тесей утвердил себя как сын и наследник афинского царя и спаситель Аттики от разорения и бесправия.
Тесей прославил себя как достойный наследник царской власти и во время столкновения Афин с царем Миносом, требовавшим раз в девять лет приносить в дань семь юношей и семь девушек как искупление за гибель своего сына Андрогея, будто бы коварно подстроенную Эгеем (хотя есть сведения об убийстве его в Фивах). Когда Минос приехал в третий раз за данью, Тесей решил отправиться сам на Крит, чтобы померяться силой с чудовищем Минотавром, на съедение которому обрекались жертвы. Хотя корабль отправился под черным траурным парусом, Тесей, уверенный в победе, повез с собой запасной — белый (Плутарх. Тесей 17).
По пути на Крит Тесей доказал Миносу свое происхождение от Посейдона, не менее важное, чем происхождение самого Миноса от Зевса, достав со дна моря перстень, брошенный туда Миносом. Тесей и его спутники были помещены в Лабиринт, где герой убил Минотавра, тем самым подняв руку на чудовище, рожденное быком Посейдона или даже самим Посейдоном, если считать быка ипостасью бога. Герой, рожденный Посейдоном, таким образом, уничтожил чудовище, посланное на землю тем же божеством. Из Лабиринта Тесей и его спутники вышли благодаря нити царской дочери Ариадны, влюбившейся в него, причем герой обещал взять ее в жены.
Эту помощь Ариадна оказала по совету Дедала, строителя Лабиринта и родича Тесея. Ночью Тесей с Ариадной и афинской молодежью тайно бежали на остров Наксос. Однако там Ариадна была похищена влюбленным в нее богом Дионисом (или оставлена случайно Тесеем), а Тесей, огорченный утратой, отправился дальше, забыв переменить паруса, что и стало причиной гибели Эгея, бросившегося в море, когда он увидел черный парус и тем самым уверился в смерти сына (Аполлод. Эпит. I 7-11).
Тесей, как и другие герои, сражался с амазонками, напавшими на Аттику. Он то ли участвовал в походе Геракла, то ли сам пошел на воинственных женщин походом, похитив царицу амазонок Антиопу или Меланиппу, а может быть, Ипполиту. Амазонки, желая освободить царицу, напали на Афины и взяли бы их приступом, если бы не посредничество царицы амазонок, ставшей женой Тесея. Она родила Тесею сына Ипполита, того, в которого влюбилась вторая супруга Тесея, сестра Ариадны Федра, родившая Тесею двух сыновей — Акаманта и Демофонта. Говорили, что Тесей женился вторично еще при первой жене, которая вместе с амазонками напала на свадебных гостей и пала будто бы от руки мужа. Самому Тесею пришлось пережить большое горе, когда отвергнутая Ипполитом Федра оклеветала юношу, обвинив его в насилии, и он, проклятый отцом, погиб на дороге из Трезен в Афины. Разъяренный бык, высланный из моря Посейдоном, нагнал ужас на коней Ипполита, они понесли, и несчастный юноша погиб, влекомый по камням своими же конями.
Так гневный бог по просьбе Тесея расправился со своим же внуком, чтобы потом причинить еще большее горе Тесею, узнавшему о невиновности Ипполита. Однако с точки зрения мифологического сознания жертва Посейдону была совершенно необходима, так как в свое время Тесей убил Посейдонова Минотавра, а это убийство требовало божественного возмездия и восстановления порядка, искони принятого богами, когда ни одно покушение на божественную кровь не проходит бесследно.
Тесей также участвовал в битве с кентаврами, бесчинствовавшими на свадьбе лапифа Пирифоя, ближайшего друга Тесея. Он участник Калидонской охоты на вепря, возглавленной Мелеагром. Но в походе аргонавтов Тесей не мог участвовать, так как он в это время помогал своему другу, Пирифою, добыть еще одну супругу, самое богиню царства мертвых Персефону (Аполл. Род. I 101-104). Вот здесь Тесей перешел ту меру действий, которая была установлена богами для героев, и тем самым стал ослушником и дерзостным героем.