Уже в первые дни судебного процесса стало ясно, что дело может рассыпаться. Несмотря на то что во время следствия все задержанные признались в убийстве, в суде они от своих прежних показаний наотрез отказались. Впрочем, следователи прогнозировали такой оборот событий. Еще до начала первого заседания суда у «Матроски» стояли люди с плакатами «Полковник Поповских – боевой офицер, а не убийца», «Поповских – на свободу, олигархов – на нары». В оправдание своих противоречивых показаний Поповских объяснил суду, что признался в убийстве по причине своего болезненного состояния. Таким образом он якобы добился, чтобы его отпустили из тюрьмы в госпиталь, где Поповских сделали операцию на щитовидной железе.
Главный организатор убийства утверждал, что у него не было мотивов для ликвидации Дмитрия Холодова, статьи которого он считал не более чем легкомысленными. Несостоятельность «карьерного мотива» Поповских объяснил одним предложением: «У меня для карьеры все было». Опроверг он и показания ефрейтора Маркелова, заявив, что, возможно, он и похвалил подчиненных именно такой фразой, но «хорошо сработали» – это вовсе не значит «хорошо убили».
Другие подсудимые на выдвинутые им обвинения отвечали в том же духе. Все твердили, что, поскольку являются профессиональными диверсантами, любой из них мог собрать взрывное устройство, вмонтированное в кейс. Но, как остроумно заметил подсудимый Сорока: «Я мог и ракету в космос запустить, но я же ее не запускал». Таким образом, все подсудимые опровергли предъявленные им обвинения и заявили о своей непричастности к гибели журналиста. По их словам, дело против них было просто-напросто сфабриковано.
Взрывотехническая экспертиза так и не смогла точно установить мощность и тип взрывного устройства. Около полугода у экспертов ушло на споры о массе заложенной в дипломат взрывчатки и о том, мог ли взрыв такой силы вызвать несовместимые с жизнью травмы.
Первая экспертиза показала, что масса заложенной в дипломат армейской тротиловой шашки составляла 200 граммов. Повторная экспертиза опровергла эти данные и установила, что масса взрывчатки была не более 50 граммов и что это был не тротил, а какое-то другое вещество. Некоторые эксперты объясняют такие противоречивые результаты невозможностью точного определения массы заряда на основе изучения остатков взрывчатого вещества.
Адвокаты же поспешили заявить о том, что выводы повторной взрывотехнической экспертизы полностью опровергают обвинение, предъявленное их подзащитным, поскольку следствием установлено, что с армейских складов Западной группы войск был похищен тротил.
Следствие долгое время рассчитывало на показания 28-летнего Барковского. От своей вины он как будто бы не отказывался и рассказал следствию о том, что после того как Морозов показал ему Холодова, он в течение 10—12 дней вел за ним слежку.
Однако вскоре было обнаружено письмо Барковского, которое он переслал на волю перед тем, как сделал признание. Экспертиза установила, что это заявление было действительно написано рукой Барковского, по всей вероятности до того, как он начал давать признательные показания.
В послании говорилось: «В силу сложившихся обстоятельств в настоящий момент должен сделать следующее заявление. Все показания, которые я дам о моем якобы участии в подготовке и осуществлении убийства корреспондента газеты „Московский комсомолец“ Дмитрия Холодова являются самооговором, на который я вынужден был пойти, чтобы прекратить постоянное моральное и психологическое давление на меня со стороны оперативных сотрудников и следователей и не дать им осуществить свои угрозы в адрес моей семьи. В частности, следователь генеральной прокуратуры С. В. Емельянов высказывал подобные угрозы в присутствии моего защитника, о чем я сделал заявление на имя генерального прокурора.
Я также хочу заявить, что мне ничего не известно о каких-либо участниках убийства Дмитрия Холодова и все мои показания по поводу других лиц являются клеветой. Я был вынужден их дать, находясь под вышеуказанным давлением. Все вышеуказанные заявления я сделаю и на суде…»
Еще одним явным провалом следствия стали показания свидетелей, которые не торопились являться в суд, а если и приходили, то своими показаниями вносили в дело еще большую путаницу и так же, как и подсудимые, отказывались от слов, высказанных в процессе следствия. Кроме того, один из свидетелей подтвердил абсолютное алиби Константина Мирзаянца.
Проанализировав все данные на суде показания, суд пришел к следующему выводу: во-первых, подсудимые вынуждены были дать признание под давлением следствия, во-вторых, показания между собой не совсем согласуются и, в-третьих, показания подсудимых никакими другими свидетельствами не подтверждены.