Для постройки Опричного дворца (или, иначе, Опричного двора) — главной политической резиденции государева "удела" — было снесено множество зданий на Неглинной, напротив Кремля. Московский Опричный дворец располагался в том месте, где соединяются улицы Воздвиженка и Моховая; точно определил его положение дореволюционный историк И. Е. Забелин. Все пространство, отданное под постройку, было окружено высокой стеной с тремя воротами. На сажень она состояла из тесаного камня, и еще на две сажени — из кирпича. Рядом с дворцом располагались, по всей видимости, казармы опричной стражи ("особый лагерь", по Шлихтингу, изложенному в не очень точном переводе). Видимо, общая численность московского опричного отряда, охранявшего царя, составляла 500 человек. Северные ворота играли роль парадных. По свидетельству Генриха Штадена, они были окованы железными полосами и покрыты оловом. Сторожил их засов, закрепленный на двух мощных бревнах, глубоко врытых в землю. Украшением ворот служили два "резных разрисованных льва" (вместо глаз у них были вставлены зеркала), а также черный деревянный двуглавый орел с распростертыми крыльями, обращенный "в сторону земщины". На шпилях трех главных палат также красовались орлы, повернутые к земщине. Опричный дворец был надолго обеспечен всем необходимым; значительную часть его территории занимали хозяйственные постройки: поварни, погреба, хлебни и мыльни; "над погребами были сверху надстроены большие сараи с каменными подпорами из досок, прозрачно прорезанных в виде листвы…" Поскольку строительство производилось на сыром месте, двор пришлось засыпать песком "на локоть в вышину". Даже церковь поставили на сваях. Главная палата размещалась напротив восточных ворот, в нее можно было войти по двум лестницам (крылечкам). Перед лестницами высился помост, "…подобный четырехугольному столу; на него всходил великий князь, чтобы сесть на коня или слезть с него. Эти лестницы поддерживались двумя столбами, на которых покоилась крыша и стропила. Столбы и свод украшены были резьбой под листву. Переход шел кругом всех покоев и до стен. Этим переходом великий князь мог пройти сверху от покоев по стенам в церковь, которая стояла на восток перед двором, вне ограды…"
Московский Опричный дворец погиб в огне в 1571 году, когда крымский хан Девлет-Гирей спалил Москву. Но помимо этой царской резиденции в разное время строились и иные: в Старице, Вологде, Новгороде. На территории Александровской слободы Опричный дворец стали возводить, по всей видимости, одновременно с московским или вскоре после него. Иван Васильевич переехал туда из Москвы не ранее второй половины 1568 года и не позднее марта 1569 года. В московском дворце Иван IV провел относительно немного времени. Зато Александровская слобода, а позднее Старица на долгие годы становились настоящими "дублерами" русской столицы. Часть сооружений опричной поры сохранилась там до наших дней.
К несколько более позднему времени относятся известия о странном мистическом ордене, основанном царем из опричной "гвардии". Немцы-опричники Таубе и Крузе, впоследствии ставшие изменниками, сообщают: "Опричники (или избранные) должны во время езды иметь известное и заметное отличие, именно следующее: собачьи головы на шее у лошади и метлу на кнутовище. Это обозначает, что они сперва кусают, как собаки, а затем выметают все лишнее из страны". Сведения полностью подтверждаются русскими источниками; до наших дней дошло даже изображение конного опричника с метлой и собачьей головой. Кроме того, опричники должны были носить грубые и бедные верхние одежды из овчины наподобие монашеских, зато под ними скрывалось одеяние из шитого золотом сукна на собольем или куньем меху.