Сам царь со свитой и отдельные команды опричников разъезжали по многочисленным владениям Ивана Петровича едва ли не год и всюду устраивали казни, пожары, разорение. Погибли сотни людей, виновных лишь в том, что они состояли на службе у Федорова. Только по документированным данным, число жертв составило 400–500 человек. В связи с "делом Федорова" в Москве и "по городом" опричники уничтожили немало высокородных аристократов, в том числе опытного воеводу князя Федора Ивановича Троекурова и боярина князя Андрея Ивановича Катырева-Ростовского, нескольких представителей боярских родов Шеиных, Колычевых и Лыковых. Пострадала верхушка приказного аппарата земщины: полетели головы дьяков и казначеев… Тогда же погиб выдающийся военный инженер Иван Григорьевич Выродков.
Репрессии, которыми завершилось расследование "дела Федорова", превратили опричнину в аппарат грандиозной террористической деятельности. Об этом повороте в политике Ивана Васильевича впоследствии писал английский дипломат Джильс Флетчер: "И тех, и других по порядку записывали в книгу, почему всякий знал, кто был земским и кто принадлежал к разряду опричников. И эта свобода, данная одним грабить и убивать других без всякой защиты судом или законом, продолжавшаяся семь лет, послужила к обогащению первой партии и царской казны и, кроме того, способствовала достижению его цели, то есть истреблению дворян, ему ненавистных,
Флетчер, конечно же, рисует "русские ужасы", намекая англичанам на то, что и в их отечестве существует угроза тиранического правления. Поэтому он нередко использует сплошь черную краску. Как уже говорилось, первые годы опричнины не знали массовых репрессий. Однако теперь, в ходе расследования по "делу Федорова" или, если угодно, по делу о "земском заговоре", опричнина стала трансформироваться. В 1568 году ее административные прерогативы оказались значительно расширены, а карательные функции возросли многократно. Здесь англичанин не отступает от истины.
Существовал ли на самом деле "земский заговор", сказать трудно. Действия польско-литовского командования показывают: какими-то сторонниками в русском лагере неприятель мог располагать. Однако "расследование" обернулось кровавой расправой, когда заодно с подозреваемыми предавали унижению и смертной муке невинных, в том числе женщин, слуг, детей.
Вот характерный отрывок из синодика репрессированных при Иване IV: "Григорий Кафтырев, Алексей Левашев, Севрин Баскаков, Федор Казаринов, инок Никита Казаринов, Андрей Баскаков муромец, Смирной Тетерин, Василий Тетерин, Иван Селиванов, Григорий, Иев, Василий, Михаил Тетерины, да детей их 5 человек, Осиф Тетерин, Князь Данила Сицкой, Андрей Батанов, Иван Поярков-Квашнин, Никита и Семен Сабуровы, Семен Бочин. Хозяин Тютин з женою, да 5 детей, да брат Хозяина, Иван Колычов, Иван, сын его, Иван Трусов… В ивановском Меньшом отделано 13 человек с Исаковскою женою Заборовского и с человеком, да у семи человек по руке отделано… Дмитрий и Юрий Дементьевы, Василий Захаров з женою, да 3 сына…"
Святитель Филипп, видя такое кровопролитие, возвысил голос против опричнины и по воле царя лишился за это митрополичьей кафедры. Казнено было несколько митрополичьих старцев.
В 1569 году подвергся аресту и был отравлен князь Владимир Андреевич Старицкий. Слишком уж часто недовольные связывали перспективу смены государя с его именем… Вместе с ним погибли от яда жена и дочь. Умертвили также слуг князя Владимира Андреевича. При этом историки не находят убедительных свидетельств реального заговора Старицких.