В апреле 1943 года при Генштабе РККА и ВМФ было заново создано независимо от ГРУ, ведавшего вопросами стратегической разведки, РУ ГШ, задачи которого состояли в руководстве всеми видами оперативной разведки на фронтах, в том числе и вновь созданными агентурными органами, а также в создании в помощь РО фронтов агентурной сети непосредственно силами центрального агентурного аппарата. В процессе новой, на этот раз неотложно необходимой, реорганизации фронты вновь получили право вести агентурную разведку. В штаты РО штаба фронта был введен аппарат агентурной разведки в составе 2-го и 3-го отделений, радиоузла ОСНАЗ, отделения оперативной техники, авиационной эскадрильи, хозяйственной части.
Новой реорганизацией параллельно с ГРУ было создано РУ ГШ, задачей которого была организация оперативной разведки, руководство ее органами на фронтах, создание независимо от фронтовой агентуры наиболее квалифицированной сети агентов на наиболее важных глубинных пунктах в тылу врага. Эти органы агентурной оперативной разведки успешно выполняли свои обязанности до конца Великой Отечественной войны.
Начальником РУ ГШ был назначен генерал-лейтенант Ф.Ф.Кузнецов — политработник, никогда никакого отношения к разведке, не имевший, да и служба его в армии началась лишь в 1939 году. Это был партийный деятель, получивший сразу звание генерала в связи с тем, что до убытия в РККА занимал пост секретаря одного из московских райкомов. Человек, несомненно, незаурядных способностей, он, несмотря на отсутствие военного образования, быстро усвоил основное, по его мнению, правило разведки: «Не доверяй». Руководствуясь им, он смог с помощью знающих помощников не только не развалить работу, но и развить ее и завоевать вновь созданному управлению авторитет. Этому в значительной мере способствовали его личные связи в высших партийных и военных кругах. По окончании войны он был выдвинут на должность начальника Главного политического управления СА и ВМФ, в последующем перемещен на пост начальника Главного управления кадров СА и в 1957 году за низкопоклонство перед министром обороны СССР маршалом Советского Союза Г.К.Жуковым снижен в должности и назначен начальником Военно-политической академии им. В.И.Ленина, а с 1959 гола служил членом Военного совета Северной группы войск в Польше. Несколько забегая вперед, можно заметить, что, по мнению нашего командования, разведка, очевидно, относилась к разряду такого рода деятельности, руководить которой мог любой партийно-политический работник вне зависимости от знания дела.
Вновь созданное управление состояло из отделов: политического, коим бессменно руководил полковник И.Д.Мальков, 1-го — войсковой разведки, имевшего функции главным образом инспекционного характера, начальник — полковник С.И.Зайцев, 2-го — агентурной разведки, в котором мне пришлось прослужить до конца Великой Отечественной войны. Командовал этим отделом генерал-майор Н.В.Шерстнев — опытный разведчик, большой труженик, несомненно, способный и честный человек, но боявшийся начальства больше, чем противника. Это обстоятельство очень ценилось руководством и почему-то осуждалось подчиненными. Заместителями начальника 2-го отдела являлись полковники М.К.Питалев и М.Я.Косиванов. Отдел имел 3 направления: северо-западное, западное, юго-западное, — ведающие агентурной разведкой, и одно направление диверсионное. Питалев курировал агентурные направления, а Косиванов — диверсионное. Направления северо-западное и юго-западное возглавляли соответственно подполковники В.И.Смирнов и Соколов, западное было приказано возглавлять мне. 3-м информационным отделом РУ ГШ командовал полковник Н.А.Романов, опытный информатор, показавший себя во время войны весьма положительно.
Отдел спецрадиосвязи возглавлял добрейший генерал Р.С.Пекурин, опекавший своих радистов в период их подготовки с чисто отеческой заботой. В управлении по штату состояла эскадрилья особого назначения для ночного десантирования разведчиков. Она находилась при 2-й Авиационной дивизии особого назначения (АДОН). Командовал ею отличный мастер прицельного десантирования майор В.А.Цуцаев.
Для обучения разведчиков и агентов шифру и поддержания спецсвязи имелось отделение спецсвязи с необходимым штатом инструкторов-шифровальщиков.
Работу с военнопленными обеспечивал следственный отдел, работавший в тесном контакте со 2-м (оперативным) отделом и 3-м (информационным).
Отдел радио и радиотехнической разведки ведал только еще начинавшей у нас развиваться весьма перспективной ветвью разведки.
Управление имело свой финансовый отдел, возглавлявшийся подполковником И.С. Слепухиным, АХО с собственным автопарком. Следует заметить, что руководить хозяйственным отделом генерал Кузнецов поручил своему шурину капитану В.И.Чистову, который за особые заслуги без выездов на фронт к 1948 году уже был полковником.