Оперативники пошли на штурм квартиры. Сотрудник «Альфы» прапорщик А. В. Дёмин открыл основную дверь, выломал вторую, однако после этого по нему открыл огонь Тхитлянов. Дёмин принял все пули на свой бронежилет, упав на лестничную площадку, а затем Тхитлянов бросил взведённую гранату. Дёмин накрыл гранату, спасая сослуживцев от гибели, но и сам погиб. Ещё один сотрудник УФСБ России по Республике Адыгея Сергей Садовничий получил тяжёлые ранения, от последствий которых скончался через два месяца. Ещё два оперативника — Владимир Зайцев и Инвербий Джаримок — также были ранены, но выжили. После перестрелки с Дёминым Тхитлянов объявил жену Атажахова и их детей заложниками, потребовав в обмен на их жизни освободить Атажахова и предоставить оружие и автобус для выезда в Чечню, угрожая в случае взорвать дом. Весь квартал Майкопа был оцеплен, всех жильцов дома эвакуировали. Атажахов, узнав о случившемся, потребовал от силовиков любой ценой вернуть ему сына.
Переговоры с Тхитляновым вёл по телефону начальник отдела по борьбе с террористом УФСБ по республике подполковник Леонид Михалюк. Тхитлянов для устрашения обстреливал окрестности из автомата; позже было установлено, что он находился в наркотическом опьянении. Спустя 12 часов после начала переговоров Тхитлянов вынужден был сдаться, выбросив с балкона автомат, пистолет и чеку одной из гранат. Тхитлянова задержали, изъяв у него фальшивый паспорт, наркотики и ещё две боевые гранаты. Он был приговорён судом к пожизненному лишению свободы, а Атажахов получил 5 лет тюрьмы. Погибших Александра Дёмина и Сергея Садовничего наградили орденами Мужества посмертно; в память о событиях на здании дома была установлена мемориальная доска в память о Садовничем и Дёмине.
Захват заложника у посольства Швеции: 10 декабря 1997 года в московском аэропорту «Шереметьево-1» был арестован Геннадий Тодиков, который угрожал взорвать самолет Ил-62М, следовавший по маршруту Магадан — Норильск — Москва. Тодиков требовал 10 миллионов долларов США и вылет в Швейцарию с целью получения политического убежища. В операции участвовал полковник группы «А» А. Н. Савельев, который проник на борт под видом технического работника и легко обезвредил преступника: как оказалось, у Тодикова был только муляж самодельного взрывного устройства, а сам Тодиков был психически нездоровым и пытался сбежать на Кубу через Швейцарию.
Через 9 дней Савельев стал фигурантом ещё одной операции: вечером 19 декабря на автостоянке возле здания посольства Швеции (дом 60 по улице Мосфильмовской) ранее судимый Сергей Кобяков, вооружённый пистолетом ПМ и гранатой Ф-1, захватил торгового представителя Швеции Яна-Улофа Нюстрема (швед. Jan Olof Nystrom) и его жену, находившихся в автомобиле Volvo 340 (позже он отпустил жену). Кобяков потребовал 3 миллиона долларов и вертолёт, угрожая убить Нюстрема. На место происшествия прибыла группа во главе с начальником управления А. В. Гусевым, а также его заместителями А. И. Мирошниченко и А. Н. Савельевым. Савельев предложил себя в заложники в обмен на жизнь Нюстрема, и Кобяков согласился.
Пока шли переговоры с участием директора ФСБ Н. Д. Ковалёва и шведского посла Свена Хирдмана, «Альфа» готовила план освобождения своего сотрудника и нейтрализации преступника. После полуночи Савельев перенёс сердечный приступ: агрессивный Кобяков потребовал передать ему коньяк в обмен на допуск врачей к заложнику, которые сделали Савельеву инъекцию. После часа ночи оперативники пошли на штурм: последовала перестрелка, в ходе которой снайперы всё же застрелили Кобякова. Савельева, находившегося в состоянии клинической смерти, срочно доставили в 64-ю городскую больницу. Несмотря на все усилия врачей, Савельева спасти не удалось. 22 декабря 1997 года начальник штаба группы «Альфа» полковник Анатолий Николаевич Савельев был посмертно удостоен звания Героя России.
Участие в сражениях Второй чеченской войны бойцов Управления «А» ЦСН ФСБ России: Осенью 1999 года в Дагестан вторглись исламские боевики, и для предотвращения дальнейших действий с их стороны в республику были направлены бойцы «Альфы». В том же году «Альфа» вступила в бои в Чечне против сил Чеченской Республики Ичкерия и иностранных исламских наёмников, которые шли в рамках начавшейся Второй чеченской войны. Параллельно в январе 2000 года в Иерусалиме оперативники входили в состав сил, охранявших Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II, который посетил Иерусалим по случаю 2000-летия Рождества Христова.