С 2004 года грузинские спецслужбы активизировали свою деятельность на территории Южной Осетии. Так, например, в ноябре 2004 года спецподразделение министерства госбезопасности Грузии уничтожило диверсионную группу из Южной Осетии, которая взрывала линии электропередачи на территории Грузии. Затем, в июне 2008 года, грузинские спецслужбы задержали троих осетин, которых обвиняют в сотрудничестве с российскими спецслужбами и организации теракта в Гори. По данным правительства Южной Осетии, задержанного Георгия Зассеева били и истязали до такой степени, что затем не могли предъявить перед камерами, в отличие от второго задержанного — беженца из Грузии Валишвили, сменившего фамилию на Валиева. Последний и поведал миру о «группе сотрудников ГРУ России». Судьба Зассеева продолжает оставаться неизвестной.
Затем, в октябре 2004 г. в засаду грузинских спецслужб на трассе Гори — Цхинвал попал автомобиль с тремя миротворцами — гражданами России. Рядового Ивана Маргиева убили сразу, офицеру Илье Хачирову прострелили ноги, а рядового Валерия Джеранова легко ранили. Раненых и убитого увезли в следственный изолятор МГБ в Тбилиси. Там старшего лейтенанта Хачирова, истекавшего кровью, замучили до смерти. Затем началась волокита с выдачей осетинской стороне единственного оставшегося в живых и тел погибших. Начальник отделения МГБ Грузии в регионе Шида-Картли Георгии Читашвили тогда сообщал, что не будет комментировать случившееся, потому что… обстоятельства ему не известны. Циничную позицию Тбилиси объяснил министр иностранных дел Южной Осетии Мурат Джиоев, сообщивший, что президент Грузии наградил сотрудников МГБ, расстрелявших миротворцев.
Но и осетинские спецслужбы не остались в долгу. Летом 2004 года осетинские спецслужбы задержали более 40 грузинских полицейских. Президент Грузии Михаил Саакашвили заявил, что у грузинских спецслужб имеются все документальные свидетельства того, что в Цхинвальском регионе работает российская военная разведка. «У нас есть аудио— и видеосвидетельства, есть все документальные материалы того, что в Цхинвальском регионе работают сотрудники российской военной разведки. Более того, у нас есть свидетельства того, что именно сотрудники российской разведки организовали и провели операцию по задержанию около 40 грузинских полицейских. Более того, именно российская военная разведка организовала показательное коленопреклонение грузинских полицейских на площади в Цхинвали», — сказал тогда Саакашвили.
Затем, в конце ноября 2006 года в центре Цхинвала совершен теракт, в результате которого пострадала женщина. По предварительным данным, жительница города Цхинвала 52-летняя Дэлиза Шортава нашла на улице детскую игрушку в виде мобильного телефона, при попытке включить который прогремел взрыв. Дэлиза Шортава получила тяжелые ранения: лишилась кистей обеих рук и ослепла на оба глаза.
В сентябре 2006 года была перестрелка между грузинскими и осетинскими войсками в районе села Тбет, заявил: Это было целенаправленное нападение грузинского спецназа на осетинский патруль. Три сотрудника южноосетинских правоохранительных органов погибли. Ответным огнем уничтожен один грузинский спецназовец, трое получили ранения.
В январе 2007 года при осуществлении патрулирования на бронемашине МТЛБ в районе севернее НП «Паук» произошел подрыв тягача российского миротворческого батальона на противотанковой мине ТМ-57. Лейтенант Чистяков П. И. и рядовой Синяков С. Ю. получили осколочные ранения, в результате чего им ампутировали правые ноги. Входе работы следственной группы прокуратуры ГРВЗ и группы инженерной разведки MC РФ установлено, что следы двух человек от места установки мины вели в сторону грузинского села Дзарцеми Цхинвальского района.
Затем, в конце января 2007 года рано утром диверсионная группа Министерства обороны Грузии осуществила рейд со стороны грузинского села Никози, обстреляв южную окраину города Цхинвал и посты МВД Южной Осетии. Огонь велся из минометов, подствольных гранатометов и автоматического оружия. В результате нападения были ранены трое сотрудников милиции республики, которые находились на посту: Борис Казиев, Александр Плиев, Роланд Габараев. Позже Александр Плиев скончался от полученных ранений во Владикавказской клинической больнице.
В мае 2007 года в Цхинвале совершен теракт, в результате которого погиб гражданин Республики Южная Осетия Валерий Козаев. В этот день в республике отмечался День подписания акта о Независимости РЮО. Рано утром в окно квартиры Валерия Козаева неизвестные бросили две гранаты, от взрывов которых он скончался на месте.