После развала СССР в новых государствах образовались свои собственные спецслужбы. По традиции они ориентировались на «старшего» брата — Россию. Но в начале 90-х руководство ФСК просто махнуло рукой на бывших братьев, отказываясь от совместных операций с соседями. А последней каплей для многих республик стало известие о том, что в российских посольствах в СНГ ввели штатные должности прикрытия для разведчиков — несмотря на то, что к 1994 году Россия подписала с большинством стран СНГ соглашения о неведении друг против друга разведдеятельности.
Первые попытки перетянуть на свою сторону спецслужбы СНГ начались только в 1995 году. Так, 31 мая 1995 года в Тбилиси был подписан договор о сотрудничестве между спецслужбами стран СНГ. Но дальше проведения встреч в рамках СРОБ (совета руководителей органов безопасности) сотрудничество не двигалось. Лишь в 1996 году Россия решила пойти дальше протокольных встреч и выдвинула идею о создании Объединенного банка данных (ОБД) по борьбе с оргпреступностью. В том же году было подписано соглашение, по которому в проекте ОБД приняли участие спецслужбы России, Украины, Азербайджана, Армении, Белоруссии, Грузии, Казахстана, Киргизии, Молдавии, Таджикистана, Туркмении и Узбекистана. В 1997 году была запущена первая очередь ОБД: в столице каждого государства — участника проекта были установлены терминалы, а в Москве заработало центральное звено.
В целом, в 90-е годы присутствие российских спецслужб в СНГ было связано прежде всего с нежеланием терять разведывательные центры и военные базы, расположенные на территории этих стран, поэтому первую скрипку играла военная разведка.
Служба внешней разведки не имела права заниматься шпионажем на территории Грузии, так как подписала в 1992 году соглашение о взаимном неведении разведдеятельности стран СНГ. И сотрудников СВР, действительно, в Грузии ни разу не ловили. В то же время, за разведдеятельность на территории СНГ отвечает не Служба внешней разведки, а ФСБ. Для этих целей в ФСБ были созданы соответствующие подразделения, прежде всего Управление координации оперативной информации (УКОИ) в составе Службы оперативной информации и международных связей (СОИМС). УКОИ долгое время возглавлял генерал Вячеслав Ушаков, а СОИМС руководил Виктор Комогоров. Оба некоторое время работали в Абхазии: Комогоров входил в состав госкомиссии по проекту договора о дружбе с Грузией, и оба участвовали в переговорах с кандидатами в президенты Багапшем и Хаджим-бой во время скандальных выборов в Абхазии.