Внешняя разведка и ФСБ всегда поддерживали с Грузией нормальные отношения. Когда в ноябре 2001 года министром госбезопасности Грузии был назначен 37-летний Валерий Хабурдзания, не успевший послужить в КГБ, и он начал активно налаживать связи как с западными, так и с российскими коллегами, постоянно выезжал в Москву для встреч с тогдашним директором ФСБ Патрушевым. При нем МГБ Грузии впервые направило на обучение своих курсантов в Академию ФСБ. А российские спецслужбы оказывали техническую помощь МГБ Грузии, поставляя спецснаряжение оперативного назначения. В отличие от своих предшественников Хабурдзания на самом деле пытался бороться с чеченскими террористами. Тогда говорили даже о совместной операции российских и грузинских спецслужб в Панкисском ущелье. Однако после «революции роз» говорить о сотрудничестве органов госбезопасности пока не приходится.
У ГРУ в Грузии, напротив, имидж сложился демонический. Обычно функции военной разведки — добывать военные секреты, и здесь задачи ГРУ вроде бы должны быть очевидны: любая страна бывшего СССР, которая начала тесно контактировать с НАТО, интересна. В Грузии ГРУ тоже постоянно обвиняют, но не только в добывании натовских секретов. Еще с начала 90-х сложилось мнение, что именно офицеры ГРУ «курировали» от России грузино-абхазский конфликт. Российская военная разведка даже обучала Шамиля Басаева в его абхазский период. Судя по заявлениям главы МВД Грузии, российскую военную разведку подозревают и в причастности к самому громкому скандалу — заговору Игоря Гиоргадзе. На диверсантов ГРУ возложили ответственность в организации теракта в Гори в феврале 2005 года, а также в диверсии — подрыв пяти ЛЭП в январе 2006-го. Бывший руководитель грузинских спецслужб Ираклий Батиашвили утверждал что события в Галльском районе Абхазии в 1998 году были заранее (за несколько месяцев) известны сотрудникам ГРУ России и они предприняли опережающие действия. Более того, по данным грузинских спецслужб считали, что бывший представитель Главы государства в Шида Картли (Южная Осетия) Хачапуридзе Важа являлся доверенным лицом полковника ГРУ России Е. Марусина и вместе с ним готовил проекты документов для грузинского правительства.