Сторонники Гамсахурдия вели партизанскую борьбу. «Забастовка протеста» в Западной Грузии переросла в железнодорожную войну со взрывами мостов. Звиадисты при участии жителей грабили поезда. Восстания охватили целые районы. Была информация о том, вооруженные группировки есть и в Кахетии, на востоке страны. На фоне ужесточения политического противостояния местные элиты в этом районе могут опираться на военизированные структуры.
Кроме того, в прилегающих к Абхазии Мингрелии и Сванетии военизированные группировки не были распущены после окончания грузино-абхазского конфликта 1993 года и более ранней гражданской войны. В Сванетии они носили открыто криминальный характер или связаны с ополченским батальоном Кодорского ущелья «Охотник». Этот батальон подчинялся центральному правительству и был создан Эмзаром Квициани, который тогда был уполномоченным президента в нижней части Кодорского ущелья, единственной части Абхазии, признающей центральную власть. Батальон «Охотник» приписывался то к внутренним войскам, то к Министерству обороны. В низменной Мингрелии существовали подпольные разрозненные вооруженные группы бывших сторонников президента Гамсахурдия.
В этих условиях вся тяжесть борьбы с мятежниками легла на плечи сотрудников грузинского МГБ и МВД. Они провели ряд успешных операций, ликвидируя одного за других лидеров мятежников, восстанавливая целостность Грузии. Так, например, Шеварднадзе вроде бы помирился с одним из лидеров таких группировок — Акакием Елиавой, а потом сотрудники МГБ Грузии ликвидировали его при странных обстоятельствах. В начале июля 2000 года «Волга» ГАЗ-24, в которой ехал Акакий Элиава и четверо его бойцов, была остановлена местной полицией у въезда в город Зестафони (Западная Грузия). У всех пассажиров были обнаружены пистолеты, на которые не было разрешений. Элиава и его бойцы отказались сдать оружие, однако согласились пройти в городское отделение полиции. Пять часов полицейские уговаривали их расстаться с оружием. Тем временем к месту событий подтянулись отряды спецназа. Когда к переговорам подключился руководитель регионального отделения МВД генерал Рубен Асанидзе, Элиава приказал своим людям взять его в заложники и попытался на машине прорваться сквозь кольцо окружения.
В перестрелке Элиава и один из его единомышленников были убиты на месте, остальные трое арестованы. Генерал-заложник был легко ранен. Ранения получили также два спецназовца.
Другой командир боевиков-звиадистов Гоча Эсебуа взял в Зугдиди в плен нескольких представителей ОБСЕ, надеясь этим актом воодушевить звиадистские силы на вооруженное выступление. Надежды эти не оправдались. Спустя некоторое время Эсебуа был обнаружен в Джихаскари спецназом и убит в перестрелке.