Одна из главных версий убийства «мхендрионовцев» — операция министерства безопасности. Правда, сторонники этой версии в средствах массовой информации предпочитают не называть впрямую виновников. Доказательств нет. Так же, как нельзя утверждать, что эти с ювелирной точностью террористические акты были сделаны какими-то мафиозными группировками. Этими делами занимались профессионалы. Нет прямого аргумента, что это сделал Гиоргадзе, тогдашний глава МГБ. В то же время убиты были те, кто превратил «Мхедриони» в исключительно опасную силу для общества. Удары по «Мхендриони» были точечными и профессиональными. Но поскольку никаких публичных обвинений в адрес министерства безопасности не последовало, то естественно, что не последовало и никакой реакции со стороны указанного ведомства (например, опровержения).
Что касается Панкисского ущелья, то там вооруженные группировки включают чеченских боевиков, пришедших с севера, и местные кистинские (родственные чеченцам) кланы Хангошвили и Маргошвили. По сути чеченцы держали под контролем эту территорию Грузии. Кроме них, по сведениям грузинских спецслужб, в Панкиси активно действовала группировка бывшего гвардейца Шота Чачиашвили.
Известно также, что Чачиашвили, кистинские кланы и другие преступные элементы не замедлили присоединиться к взбунтовавшимся в мае 2001 года гвардейцам, которые заняли базу внутренних войск в Мухровани и предъявили разные требования, в основном социально-экономического характера. Тогда бунтовщиков удалось утихомирить. С ними встретился сам президент, обещая разобраться в проблемах вооруженных сил. Преступники рассеялись. Панкисское ущелье — это государство в государстве, где занимались приобретением оружия остатки последователей Гамсахурдия и чеченские боевики. Наркобизнес и похищение людей также связаны с торговлей оружием, так как деньги от наркотиков и выкупа за похищенных идут и на оружие для политических целей или для охраны преступного бизнеса.
Именно с грузинским наркобизнесом связывают убийство в августе 1993 года сотрудника ЦРУ Фред Вудрафф. Он умер мгновенно, пуля попала ему прямо в лоб, когда он вместе с бывшим начальником охраны Шеварднадзе полковником Эльдаром Гоголадзе проезжали селение Натахтари. Официально он был сотрудником политического отдела посольства США в Тбилиси и личным советником президента Шеварднадзе по вопросам национальной безопасности. Ему не всегда удавалось находить общий язык с руководителем МГБ Игорем Гиоргадзе. Для его работы хватало прекрасных отношений непосредственно с президентом и начальником его охраны — Эльдаром Гоголадзе. Эксперты считают, что на самом деле главной задачей агента ЦРУ Вудраффа была тогда помощь при организации спецслужб Грузии (чем были очень недовольны руководители российской разведки).