Вырабатывая собственную точку зрения, Коллонтай освободился от давления церковной апологетики, а также от влияния противоположного последней философского авторитета Вольтера. Коллонтай не сомневался в том, что библейская повесть о затоплении всей Земли и пресловутых похождениях Ноя не приемлема в свете науки уже хотя бы потому, что было бы невозможным равномерное покрытие всего земного шара водой. Однако одновременно он считал, что соответствующие фрагменты книги Бытия являются искаженным свидетельством катастрофы, вызвавшей потоп и происшедшей в южном полушарии Земли. Геологические, гидрологические и физические наблюдения склонили Коллонтая к истолкованию свидетельства, содержащегося в книге Бытия как историческом источнике, который может быть подвергнут любым способом обычным правилам светской исторической критики. Он считал, что библейская повесть о потопе является дополнительным подтверждением события, неопровержимо установленного естественными науками. Но истолкование потопа как кары, ниспосланной на человечество божьей волей, является, конечно, теократическим добавлением к свидетельству о действительном событии.
Истолковывая потоп как природное явление, Коллонтай не побоялся пойти на конфликт с официальным учением церкви по этому вопросу. По его понятиям, эта катастрофа была только естественным результатом непрестанного и закономерного движения первоэлементов в природе, результатом спонтанной активности огня, воды и воздуха. Поэтому он доказывал также, что разные «космогонисты» бесполезно ищут на небе «чуждых и невероятнейших причин этого явления», когда его можно объяснить естественными и необходимыми причинами. «Зачем вымышлять ненадежные и ненужные причины, — писал он, — если имеем видимые? Зачем представлять себе потоп таким, каким его воображали себе комментаторы плохо понимаемой традиции? Если его причины и следствия будут найдены в природе, то это поможет быстрее исправить человеческие предания и сделать их более понятными» (33, 166).
Существенным элементом этой своего рода натурализации идеи потопа в учении Коллонтая было убеждение в том, что его причины действуют постоянно, а следовательно, и в настоящее время. Из положения о постоянном и неизменном действии этих необходимых физических причин вытекал сформулированный Коллонтаем тезис о неизбежности периодического повторения потопов также и в будущем, что снова отчетливо противоречило «истине» откровения: «Даю примирение мое с вами, и ни в какой мере больше не будет поглощено любое тело водами потопа, и не будет больше потопа, опустошающего землю» (Быт., 9, 11).
Таким образом, здесь выступает точка зрения, свидетельствующая о методологической последовательности Коллонтая, признающего рациональную научную критику единственной и окончательной инстанцией истины. Так называемые истины откровения религии он лишает какого бы то ни было авторитета относительно научных исследований. Коллонтай, не колеблясь, возражал тем истинам христианского откровения, которые приходили в столкновение с результатами, достигнутыми науками. Эта позиция независимости разума явилась существенным фактором того перелома, который польское Просвещение совершило в науке и философии.
С рассматриваемой здесь проблемой тесно связан еще один важный методологический и мировоззренческий вопрос. Известно, что в допросветительском образе мышления чудеса и различные сверхъестественные явления составляли существенный элемент картины мира и человеческой жизни. В своем тезисе о потопе Коллонтай отбросил саму возможность чуда, отрицая доказательную ценность сверхъестественных причин при выяснении физических явлений.
Представленные выше взгляды Коллонтая об автономии разума и его независимости от веры указывают на радикальное понимание этой проблемы. Данному пониманию уже не подходили половинчатые рассуждения, свойственные, например, теории двух истин, и т. д. Разум должен сам решать вопрос об истине и ошибке во всех областях мысли и жизни, а также и по религиозным вопросам. Из этого положения последовательно вытекало, что даже наивысшие философские обобщения не являются исключительной областью господства религии и авторитета; эти обобщения могут быть исключительно результатом независимых научных исследований и неограниченных теоретических разработок. Религия оказывалась, таким образом, лишенной права формировать мировоззрение. Более того, Коллонтай выдвигал цель безграничного развития науки. Догматизму и стагнации знания, защищаемым схоластикой с ее бесплодным вербализмом, питающимся авторитетом Писания и официальных комментаторов, Коллонтай противопоставил программу творческой науки, способной преодолеть балласт вредной традиции и открывающей новые горизонты.
Основной предпосылкой этой программы было принципиальное восстановление ценности науки. В начертанной Коллонтаем перспективе наука, выступив против церкви, должна стать основным орудием создания мира в общественных отношениях, а также в сфере ценностей и благ, создаваемых людьми.