Аналитический метод означал у Коллонтая, как видно из сказанного выше, значительно больше, чем правило выделения элементарных частей исследуемого целого. Анализ должен очерчивать лишь начальные действия исследователя, направленные на познание определенного предмета. Совокупность действий, при помощи которых осуществляется выделение элементарных составных частей целого и познание их, должна быть только необходимым началом процедуры, ведущей в конечном счете к синтезу, т. е. к соединению составных частей и правильному понятию целостности исследуемого предмета. Следовательно, анализ в этом понимании не противопоставляется синтезу; этот последний должен быть как бы составной частью, завершающей фазой, венчающей анализ. При этом, конечно, фундаментальное значение у Коллонтая имеет постулат первичности анализа — он должен быть с необходимостью началом любой познавательной деятельности.
В формулировках Коллонтая можно легко заметить многочисленные отголоски декартовского «Рассуждения о методе». Однако это не означает, что Коллонтай полностью согласен со своеобразным содержанием метода Декарта. По данному вопросу Коллонтай как сын XVIII в. солидаризировался с материалистической программой борьбы с «духом системы» в философии. Следовательно, его аналитический метод обращался не только против схоластики, но и против методов конструирования великих метафизических систем XVII в. (Декарта, Спинозы, Лейбница, а несколько позже — X. Вольфа), против выведения путем дедукции всех тезисов системы на основе априористски принятых аксиом more geometrico (геометрическим способом), как писал Спиноза.
Однако острие коллонтаевской борьбы за метод было направлено главным образом против схоластики, которая предписывала разрабатывать науки по образцу теологии, неприемлемому для естествознания. Как известно, с точки зрения этого «образца» сначала принимаются первые принципы, из которых затем на основе умозаключений, осуществляемых по правилам силлогизма, схоласты пытались вывести каждый в своей области конкретное знание. Главной целью философов, боровшихся за возрождение и обновление науки в Польше, было введение вместо априорно-дедуктивной схоластической спекуляции метода кропотливого аналитическо-индуктивного исследования. Поэтому Коллонтай с такой настойчивостью повторяет в обоих трактатах (обращаясь к представителям общественных наук, истории, геологии и т. д.) «не предписывать себе заранее никакой системы». Теория должна быть конечным результатом беспристрастного аналитического исследования, а не произвольным творением «безудержного воображения». Именно в игнорировании и отрицании земного (обыкновенного) наблюдения и эксперимента, анализа Коллонтай усматривает причину того, что «эргоисты» (схоласты) не смогли открыть ничего, кроме того, что они уже построили в своем воображении. Отметим, что именно с этой точки зрения вся метафизическо-теоретическая проблематика дисквалифицировалась Коллонтаем как научная и представлялась им как плод буйного воображения и фантазирования, глумящегося над достоинствами научности.
Признавая анализ универсальным научным методом, Коллонтай в конце жизни выступал не только против схоластики, но также против нового идеализма в польской философии, распространившегося под влиянием авторитета Канта. Выступая против создания кафедры метафизики в Виленском университете, Коллонтай (как бывший ректор Краковского университета) писал: «Если решено основать кафедру логики и метафизики для того, чтобы она возродила заново ту часть философии, которая называется philosophia speculativa, и если с этой точки зрения выбрана система критической философии Канта, то этот замысел был бы достоин сожаления… он ввел бы заново перипатетику, темный и непонятный язык, говорящий о предметах, называемых трансцендентальными, без связи и смысла, дисциплину, стремящуюся познавать вещи априори, но которые нельзя познать иначе, как только из следствия» (23,