Оркестр под его управлением, инстинктивно отвечая каждому импульсу, исходившему от дирижера, постепенно приходил к пониманию особенной малеровской манеры. Человеку со стороны уследить за движениями Густава представлялось весьма трудно. Он всегда подчеркивал мелодическую линию, а не метрику, из-за чего тем, кто не привык к его «почерку», казалось, будто мелодия начиналась с любой доли. Тем не менее стиль дирижирования Малера, судя по результатам, никогда не вызывал вопросов. Он добивался легкого, воздушного звука, все переходы осуществлялись живее и проще, благодаря чему происходил обманный эффект: сольное пение на фоне такого оркестрового тембра становилось широким и внушительным. В результате вагнеровские оперы впервые стали даваться без сокращений, причем их полный вариант был на полчаса короче, чем предыдущие, «урезанные» версии.
Первый сезон оказался весьма тяжелым для Густава: помимо организационной работы он был вынужден часто заменять других дирижеров, пытавшихся спихнуть с себя ответственность за спектакли под видом болезни. Как и следовало ожидать, и без того хилое здоровье Малера не выдержало. 5 июня композитор попросил отпуск, чтобы пройти вторую операцию по удалению геморроя в венской клинике «Rudolphinerhaus».
Лето он как обычно проводил с сестрами Юстиной и Эммой. Вскоре Эмма вышла замуж за Эдуарда Розе и уехала с ним в американский Бостон, а затем — в немецкий Веймар. Непристроенной оставалась лишь Юстина, но для Густава она являлась незаменимой в доме хозяйкой.
К новому оперному сезону 1898 года Малер готовил «Кольцо нибелунга» своего любимого Вагнера. Однако премьеру омрачило трагическое событие — 10 сентября в Женеве была убита итальянским анархистом императрица Елизавета Баварская, супруга Франца Иосифа. Из-за траура эта малеровская постановка увидела свет лишь в конце месяца.
С работой над «Кольцом» связано еще одно театральное нововведение Густава. Перед первым представлением «Валькирии» — второй оперы тетралогии — он потратил много времени на одной из утренних репетиций, чтобы объяснить литавристу особенности его партии в последнем акте. Вечером во время спектакля в нужный момент Малер уверенно дал необходимый сигнал вступления оркестранту, но вместо отрепетированного звукового залпа ухо дирижера услышало лишь слабое постукивание. Сердито посмотрев на виновника, Густав, к своему удивлению, обнаружил, что на месте литавриста сидит другой человек. После того как опустился финальный занавес, Малер потребовал объяснений и узнал, что практика уходить до завершения спектакля, особенно когда представление заканчивалось поздно, была привычной для музыкантов, живущих в пригороде. Малер тотчас послал телеграмму литавристу с требованием прибыть к нему рано утром и из разговора с ним узнал, что оркестранты испытывали немалые трудности от изнурительной работы на повседневных репетициях и выступлениях. Директор видел, что музыкант отчасти был прав. При этом Густаву донесли, что зачастую такие замены являлись следствием частых и внезапных подработок, приносивших оркестрантам неплохие деньги на стороне. Понимая, что строгая дисциплина — залог четкого функционирования всего учреждения, Малер категорически запретил посылать музыкантам вместо себя кого-либо на спектакли или репетиции. А в качестве компенсации за запрет «левых заработков» он добился небольшого увеличения их зарплат, чем те остались вполне довольны.
Хотя в процессе работы Малер и проявлял крайнюю строгость, доходящую до тирании, к сослуживцам он относился как к равным себе и не упускал возможности выразить свою признательность за их преданность искусству. В 1903 году во время срочной подготовки театром постановки «Луизы» Шарпантье кларнетист Франц Бартоломеи показал небывалый образец самопожертвования — будучи абсолютно незаменимым в оркестре, он работал на репетиции и премьере, хотя его ребенок был смертельно болен и вскоре умер. Малер случайно узнал об этой трагедии и тотчас отправил кларнетисту соболезнования со следующим текстом: «От всего сердца благодарю Вас за то, что Вы принесли нам такую большую жертву и приняли участие в репетиции, несмотря на Ваше огромное горе… Я никогда этого не забуду!»