К августу Ганс Рихтер, находившийся в Байройте, известил Венскую филармонию, что более не сможет работать главным дирижером оркестра. Его письмо официально распахнуло дверь перед Густавом в зал «Musikverein». 24 августа на ежегодном голосовании филармонического оркестра за Малера высказался 61 музыкант, за Йозефа Хельмесбергера, отец которого был директором Венской консерватории еще в годы студенчества Густава, проголосовали 19 человек, а за Феликса Моттля, тоже желавшего занять этот пост, — всего один. Из-за такого разделения голосов Малер, намеревавшийся работать со слаженным коллективом, отказался от поста, и 16 сентября состоялись повторные выборы. Второй раз из девяноста шести оркестрантов директора Придворной оперы поддержали 90 человек. В результате такой сокрушительной победы Малер стал, наконец, официальным и полномочным руководителем Венского филармонического оркестра.
В начале оперного сезона Козима Вагнер, пытавшаяся когда-то не допустить Густава до директорства в Императорском театре, стала добиваться того, чтобы он исполнял оперы ее сына Зигфрида, который, пойдя по стопам отца, тоже стал композитором. Малер понимал, что его отказы не остановят «пиковую даму» немецкого музыкального искусства и на него будут давить сверху. Первое сценическое произведение Зигфрида Вагнера «Медвежья шкура» Густав включил в репертуар текущего сезона, настояв на немалых сокращениях, так как в полном варианте сочинение воспринималось нудно и скучно. Больше Малер не работал с творениями Вагнера-сына, хотя некоторые исследователи ошибочно указывают, что он осуществил еще постановку оперы Зигфрида «Бездельник».
В 1899 году филармонический оркестр исполнил Вторую симфонию Малера. Реакция зала оказалась настолько эмоциональной, что четвертую часть пришлось повторить на бис. При этом венские критики оказались не более дружелюбными, чем берлинские. 14 и 15 января 1900 года состоялись премьеры вокальных произведений Густава. Малер часто задумывался, почему поверхностные сочинения других композиторов пользовались популярностью, когда его собственные оказывались почти полностью отверженными. Вена всегда принимала новую музыку странно. Моцарт, Шуберт, Брукнер и многие другие выдающиеся личности имели здесь дело с особым, столичным снобизмом. Быть может, Густав воспринимал это как неизбежный факт и сам не очень-то старался добиться признания как композитор. Известны случаи, когда у Малера просили разрешения на исполнение его сочинений, но он, хотя его музыка звучала нечасто, отказывал в просьбе.
Вена продолжала оставаться консервативной и не проявляла интереса не только к сочинениям Густава, но и к его непривычным интерпретациям музыки прошлого. Для ежегодного зимнего концерта, традиционно устраиваемого в помощь благотворительному фонду филармонии, Малер выбрал свою интерпретацию Девятой симфонии Бетховена, которую он исполнял еще в Гамбурге. Спрос на билеты оказался настолько высоким, что пришлось организовывать два выступления — 18 и 22 февраля, Густав готовил сюрприз столичным любителям музыки. Венские знатные особы, по обыкновению посетившие столь знаменательный вечер, испытали большое недовольство. Критики долго не могли успокоиться, дав пищу для разного рода сплетен в обществе. Разочарованы оказались даже те, кто относился к Малеру с уважением и почтением. Князь Рудольф после концерта поздравил Густава словами: «Очень хорошее исполнение… однако мне доводилось слышать это в других темпах». На это дирижер ответил: «Неужели Ваше Высочество слышали это произведение раньше?»