Жильяр объяснил родителям, что Цесаревичу грозили две опасности. Во-первых, он не умел себя физически контролировать, так как не был к этому приучен. Он был неосторожен, не мог ни предвидеть, ни избежать падений. При двух телохранителях, всегда готовых придти на помощь, он падал шутки ради, бросался в воду, прятался в конюшнях или хозяйственных постройках. Жильяр очень быстро понял порочность этой системы: Алексею «следует самому находить в себе силы реагировать на окружающую действительность, думая головой, вопреки безрассудным порывам». Больной гемофилией мог выжить, лишь постоянно соблюдая осторожность и контролируя свои действия. Вторая опасность заключалась в психологическом вреде, наносимом чрезмерной опекой. По мнению Жильяра, подобное воспитание, если его не скорректировать самым серьезным образом, могло сделать Алексея слабохарактерным и нерешительным. Постоянная слежка за ним могла «превратить столь нежного ребенка в бесхарактерное существо, неспособное управлять собственными поступками, морально неустойчивое».
Жильяр победил в этом споре и получил разрешение обучать Алексея Николаевича так, как он считал нужным. Категорически недовольный окружающей наследника лестью, он настоял, во-первых, на том, чтобы посетители перестали преклонять колени перед мальчиком. Этот обычай шокировал Жильяра не только потому, что он был сторонникам равноправия, но еще и потому, что он сознавал: всеобщее преклонение может повредить характеру ребенка, к тому времени еще сохранившему простой нрав и чистосердечие. «Мальчик очень обрадовался своему освобождению, – отмечал Жильяр, – от того, что так сковывало его прежде». Жильяр трезво оценивал ущерб, который могла принести детям изоляция при дворе: «Цель образования князя заключалась в том, чтобы превратить его в неполноценное существо, которое в конце концов окажется выброшенным из жизни, потому что смолоду не приучено подчиняться общим правилам». Новый воспитатель пытался внедрить совсем другое образование, отличное от традиционного воспитания князей, расцененного им как «искусственное, тенденциозное и догматическое». Мать Жильяра отличалась прогрессивным для своего времени мышлением и на смертном одре запретила ему творить несправедливость и особенно «принимать как само собой разумеющееся различия, которые устанавливают между людьми происхождение и богатство».
В аристократических кругах преподаватели, как правило, обладали «свободой, ограниченной обычаями окружения». По словам Жильяра, учителя предпочитали обучать по шаблону, не развивая «стремления к поиску и анализу», зачастую стремясь искоренить все, что «могло пробудить в ученике неуместное любопытство и желание самостоятельно исследовать проблемы». В ребенке, заключенном в кокон незыблемых традиций, без какого-либо взаимодействия с разнообразием окружающего мира, с которым ему следовало бы соприкоснуться в детстве, совсем не развивались ни критическое мышление, ни здоровый практицизм. Жильяр хотел привить Цесаревичу чувства, по его мнению, делавшие человека справедливым и прямодушным, способным трезво оценивать свои эмоции.
Уже в 1910 году, упоминая великих княжон, он писал своей матери: «Встреча с моими ученицами показала, что Императрица была права, говоря, что они очень трепетно относятся ко мне <…> я же не питал иллюзий: эти дети были неспособны по-настоящему привязаться к окружавшим их людям (их было слишком много), у них просто не было на это времени. Постоянная смена лиц в окружении делала чувства детей к ним поверхностными».
Жильяр отдавал своим новым обязанностям все силы. Он находил для Алексея товарищей по играм, в гости к которым они вместе регулярно ходили. Цесаревич впервые попал в частный дом. Матросы-телохранители были удалены, вопреки мнению врачей и офицеров, ответственных за охрану дворца. С тех пор Жильяр принял на себя огромную ответственность за здоровье наследника. Несчастный случай не заставил себя ждать. Алексей упал со школьной скамьи, на которой он прыгал, резвясь. Боль, опухоли, потребность в медицинской помощи свидетельствовали о неудаче стратегии Жильяра, но его ни разу не упрекнули в этом: родители Алексея предпочитали доверять наставнику. Мальчик очень быстро изменился. Жильяр не отходил от него. Он участвовал во всех перипетиях жизни цесаревича и в любых обстоятельствах находился рядом с ним. В ноябре 1915 года Александра Федоровна написала Николаю II: «Перед тем как принять какое-нибудь решение, посоветуйся с месье Жильяром. Это очень разумный человек, и он так хорошо понимает во всем, что касается Алексея».