Чтобы иметь возможность хоть какого-то заработка, Жильяр обратился в солдатский комитет с просьбой позволить ему давать частные уроки в городе, в чем ему, разумеется, отказали. 26 марта 1918 года из Омска прибыли более ста новых охранников из красных. Через десять дней вслед за ними прибыл новый комиссар, большевик, наделенный чрезвычайными полномочиями с правом расстреливать «в двадцать четыре часа без суда и следствия любого, кто не подчинится его приказам». С человеком, имеющим такую власть, не шутят. Алексей, страдающий от развивающейся геморрагической опухоли в паху, находился в постели. Его лечили доктора Боткин и Деревенко, находившиеся на свободе в Тобольске. Жильяру больше не разрешали совершать прогулки и не давали увольнения в город. Саблю у него отобрали в апреле в ходе обыска. Чтобы сохранить самообладание и стойкость духа, ан заучивал наизусть театральные пьесы, например чеховского «Медведя» или «Пугало» Менделя и Кордье. Царь читал по-французски «Девяносто третий год» Виктора Гюго.
Григорианский календарь вступил в действие 1 февраля 1918 года, сменив прежнюю хронологию по юлианскому календарю, который отставал на 13 дней.
В апреле в Тобольск приехал полномочный комиссар Центрального исполнительного комитета: «Понедельник, 22 апреля. Из Москвы приехал комиссар с небольшим отрядом, его фамилия – Яковлев». Василий Яковлев, доверенное лицо Свердлова, председателя ЦИК, получил задание вывезти бывшего Царя вместе с Семьей. Место нового заточения Яковлев называть отказывался. Поскольку лед еще не сошел, добраться водным путем из Тобольска в Тюмень было нельзя. Больной Алексей был нетранспортабелен. Александра Федоровна отказалась разлучаться со своим мужем и добилась разрешения сопровождать его вместе с Марией. Другие дети были оставлены на попечение Жильяра: «Я уеду с Императором. Я доверяю вам Алексея». Дочери столько плакали, что у них опухли лица. В половине двенадцатого утра все собрались в большом зале: «Император обнял всех мужчин, Императрица – всех женщин. Почти все плакали».
В четыре часа пополудни бывший Император, бывшая Императрица и Мария Николаевна простились с Алексеем, Ольгой, Татьяной, Анастасией и Жильяром. «Императрица и великие княжны плакали. Император казался спокойным и нашел слова поддержки для каждого из нас. Мы обнялись. Императрица, прощаясь са мной, попросила меня не падать духом и оставаться при Алексее Николаевиче. Я отправился к мальчику, который рыдал, лежа в постели». Яковлев организовал переезд узников на санях, с большим кавалерийским отрядом для охраны. Им предстояло проехать 300 км по снегу, пересечь реки по тающему льду и по четыре раза в день менять лошадей.
И все же самая серьезная опасность была отнюдь не природного характера. Конвой с Царской Семьей преследовали два кавалерийских отряда – тоже большевиков. Уральский Совет, будучи очень влиятельным, боролся С Центральным исполнительным комитетом за узника, и было решено во что бы то ни стало захватить Романова. Яковлев внушил своим преследователям, что он везет бывшего Императора к ним, на Урал. Однако в Тюмени он посадил своих узников в поезд, который шел в Омск, т. е., в другую сторону! Перед Омском поезд был остановлен отрядом разгневанных уральских красногвардейцев. Яковлев, обвиненный в измене, был не расстрелян только благодаря заступничеству Свердлова. Поезд был отправлен обратно, на этот раз в направлении Екатеринбурга, где Императора ожидала враждебно настроенная толпа. Узников привели в дом Ипатьева, окруженный высоким деревянным забором. С этого момента они находились во власти Уральского Совета.
Поведение Яковлева представляется довольно странным, а эпизод с похищением Романовых весьма двусмысленным. Яковлева обвинили в намерении освободить Императора. Но скорее всего, действуя по приказу Свердлова, он просто пытался вырвать свергнутого Царя из рук Уральского Совета, чтобы отвезти его в Москву. Позднее Яковлев перейдет на сторону белых. Будучи авантюристом, этот человек был двойным агентом, работая в том числе и на большевиков. Он станет советником Сунь Ятсена в Китае, затем в 1921 году вернется в СССР. После двух лет лагерей – Беломорканала и Соловков – он выйдет на свободу, чтобы в 1938 году пасть жертвой сталинских чисток и окончательно сгинуть лагерях.