На старте чемпионата первый матч выиграли, затем — две ничьи и три поражения подряд. Заметив, что команда плохо двигается, Якушин решил увеличить нагрузки в тренировках, что вызвало общее неудовольствие. «Чувствую, расходимся мы с командой, а руководство клуба после бесед с рядом игроков стоит вовсе не на моей стороне. Как тут было не вспомнить: „Не верь!“ Дальше — больше. Едем на игру в Харьков. Я обнаруживаю, что некоторые футболисты, не спросясь, в поездку взяли своих жен, словно на экскурсию отправились. Это переполнило чашу моего терпения. Я понял, что дальнейшая совместная работа не может удовлетворить ни меня, ни футболистов, и подал в отставку. Кто тут прав, кто виноват?.. И обстоятельства так сложились, и у меня, может быть, педагогических навыков не хватило, и игроки, конечно, во многом неправильно себя вели. Затягивать конфликтную ситуацию в ходе чемпионата было нельзя. Если контакт с футболистами у тренера потерян, он должен уйти».
Михаил Иосифович недолгое время работал в Центральном совете общества, а через два месяца принял приглашение тбилисского «Динамо». В 1952 году, после того как сборная СССР была подвергнута несправедливому разносу за проигрыш югославам на Олимпиаде, Якушин заменит своего оппонента Бориса Аркадьева на посту наставника главной команды страны.
В 1953 году Михаил Иосифович вернулся в московское «Динамо». Причем вернулся надолго — на семь лет. И эта семилетка оказалась не менее удачным периодом в тренерской карьере Якушина, чем послевоенный отрезок. А может, и более успешным. В противостоянии со столичным «Спартаком» динамовцы четыре раза выигрывали чемпионат страны и один раз взяли Кубок СССР.
«За те семь сезонов, что я проработал тогда старшим тренером динамовцев Москвы, команда четырежды становилась чемпионом, дважды серебряным призером, один раз бронзовым.
И „Динамо“, и „Спартак“ имели тогда хороший подбор игроков. Но особенно заметно они превосходили соперников в функциональной подготовке, что позволяло этим двум клубам иметь и устойчивое преимущество в техническом исполнении. В футболе всё взаимосвязано. Простой пример. Если, скажем, один из двух равных по классу игроков физически готов лучше, то это позволяет ему более уверенно работать с мячом, а раз так, то и тактические его возможности будут выше. То же самое можно сказать и о командах.
Среди спартаковцев в ту пору было немало популярных игроков. Имена Симоняна, Татушина, Исаева, Сальникова, который в 1955 году вернулся в „Спартак“ из „Динамо“, Ильина, Нетто, Парамонова, Маслёнкина, Огонькова, Тищенко не сходили со страниц газет. Ничего не скажешь, сто́ящие футболисты!
У московских динамовцев реклама была скромнее, но игроки у нас тоже подобрались хорошие, а главное, что очень хороший ансамбль из них сложился. По боевому духу, по содержанию игры (я имею в виду прежде всего коллективные действия) мы наших соперников, думаю, превосходили. Лучшим у спартаковцев в этот период был сезон 1956 года, когда они играли на хорошей скорости, комбинационно, результативно. Не случайно тогда многие из них в составе сборной СССР стали олимпийскими чемпионами. А у „Динамо“ я бы выделил сезон 1957 года, когда нам удалось показать удивительно цельную и гармоничную игру, что и позволило команде преуспеть как в атаке, так и в обороне.
На протяжении всех этих семи лет состав „Динамо“, разумеется, периодически обновлялся, но акцент игры на коллективный футбол оставался неизменным».
Пожалуй, главной заслугой Якушина во второй динамовский период стало открытие для нашего, да что там нашего — мирового футбола великого вратаря Льва Яшина. Лев Иванович был воспитанником динамовского клуба, с конца сороковых входил в состав, но игроком основы не был. Яшин получал шансы, но воспользоваться ими не мог. К тому же в команде были прочны позиции сначала Алексея Хомича, затем Вальтера Саная. А Лев играл преимущественно за дублирующий состав.
Ситуация изменилась при Якушине, который поверил во вратаря, когда тому шел уже двадцать пятый год. «Из-за высокого роста (186 см) Яшин был несколько тягуч. И спринтерским стартом не обладал. Но с лихвой компенсировал он всё это умением выбрать позицию. Хорошо читая игру, Яшин чувствовал, где в скором времени может возникнуть самая горячая точка игры, и поспешал туда заранее, чем облегчал себе дальнейшие действия. Такие маневры позволяли ему зачастую предотвращать атаки соперников. Если бы он не выходил из ворот и не вмешивался в события, чуть позже ситуация могла быть уже критической.
В то время, когда мы начали с ним работать, Яшин порой еще был нерасчетлив в действиях. Сорвется, бывало, с места, убежит за линию штрафной, а мяч не достанет. Глядишь, соперник нам гол в пустые ворота и закатит. На трибунах свист и смех. А Яшин еще и артист в молодости был. Выбегает из ворот на высокую подачу, руками уже играть нельзя, так он свою кепку неизменную на ходу снимет, головой отобьет мяч и снова кепку наденет. Зрители веселились от души».