Якушин не стал «ломать» Яшина под себя; напротив, дал вратарю возможность играть так, как тот считает нужным. Лев Иванович получил полное доверие тренера, которого ему не хватало ранее. В результате вчерашний вечный дублер стал сильнейшим голкипером в истории футбола. Михаил Иосифович называл Яшина вратарем своей мечты.
Семь лет Якушин проработал во второй свой приход в московское «Динамо» старшим тренером, а по окончании сезона 1960 года расстался с командой. Опять-таки по своей инициативе. «Вновь начал контакт с футболистами терять. Что ни требую, в ответ ворчание. Да и нервно я истощился, честно признаюсь. Ведь все время руководители только первого места требовали. „А если второе?“— спрашивал у них. „Второго быть не должно“, — отвечали. А до моих трудностей никому дела не было. Игроков в команде хороших, правда, было немало, молодые способные уже подросли — Численко, Короленков, Аничкин… Но дисциплина в команде начала резко падать, настало время жесткие меры принимать. Прикинул я всё и подумал: а ведь если останусь, дров могу наломать, лучше уйти. И подал в отставку. Пятьдесят лет как раз мне исполнилось, отпраздновали мой юбилей, вазу команда на память подарила. И распрощался я с московским „Динамо“ как тренер уже навсегда».
Весной 1962 года Михаила Иосифовича во второй раз пригласили возглавить тбилисское «Динамо». На старте чемпионата страны команда потерпела ряд неудач, и руководители Спорткомитета Грузии обратились к тренеру, что называется, в пожарном порядке. Якушин трудился тогда в Федерации футбола СССР, занимался в основном административной деятельностью и поэтому на предложение откликнулся с охотой.
В то время в футболе уже дули ветры перемен. Кончилась эра безраздельного господства в чемпионатах страны прежней элиты: московского «Динамо», ЦДКА, «Спартака».
Михаил Иосифович по сути создал новое тбилисское «Динамо». Выдающийся тренер в очередной раз совершил очень важные для нашего футбола открытия. Так, девятнадцатилетний левый защитник Муртаз Хурцилава с легкой руки наставника стал оплотом центра обороны не только тбилисцев, но и сборной СССР.
«Не скрою, я относился к Хурцилаве с особой симпатией. Он сумел вырасти в футболиста высокого класса. Вроде бы и времени много прошло, и футбол изменился, но и среди нынешних центральных защитников не вижу, кто бы мог сравниться с ним в мастерстве. Прыгучий, выносливый, быстрый Муртаз срывался с места в мгновение ока. Соперник только собирался делать передачу, а Хурцилава был уже готов стартовать в том направлении, куда должен был полететь мяч, — так тонко он чувствовал игру. И в клубе, и в сборной я ему всегда давал задание персонально опекать самого сильного игрока противника, когда тот появится в зоне его действий. В матче 1967 года со сборной Шотландии Хурцилава не дал вообще ничего сделать знаменитому Деннису Лоу, обладателю титула лучшего футболиста Европы, который незадолго до этого блеснул великолепной игрой на „Уэмбли“ против англичан. В Глазго Хурцилава, действуя на перехватах или атакуя Лоу в момент приема им мяча, ведя смелые и жесткие единоборства, начисто переиграл его. На второй тайм Лоу уже не вышел. Очень грамотно Хурцилава включался в атаку. Когда команда, в которой он играл, овладевала мячом, соперники оставались еще на чужой половине поля, а Хурцилава был уже там, у их штрафной площади, и наносил удар по воротам. Трех — пяти секунд хватало ему, чтобы начать и завершить свой атакующий выпад».
Перевод Хурцилавы в центр обороны — не единственное нововведение Якушина. Нападающий Шота Яманидзе также отправился в центр обороны. Больше свободы действий получил на левом фланге атаки Михаил Месхи. Ансамбль сложился с приходом из «Торпедо» Славы Метревели в 1963 году. Тот чемпионат динамовцы завершили на пятом месте. А в 1964-м тбилисцы впервые стали чемпионами СССР. Правда, поздравления принимал не Якушин, а Гавриил Дмитриевич Качалин, сменивший Михаила Иосифовича в начале сезона. К расставанию привели разногласия тренера со спортивными властями Грузии. Повод был пустяковый — место проведения товарищеских матчей. Но Якушин проявил принципиальность и твердость. Даже ценой отставки.
Третий тбилисский период Якушина был кратковременным — 1974–1975 годы. И на первый взгляд не слишком удачным. Но Михаил Иосифович успел провести смену поколений, подтянуть в команду молодых футболистов. Именно он заложил фундамент той команды, с которой Нодар Ахалкаци выиграет и чемпионат СССР в 1978-м, и Кубок кубков в 1981-м. Хорошую память оставил о себе Михаил Якушин и в Ташкенте. Дважды в карьере ему доводилось руководить местной командой «Пахтакор». В 1965 году он помог ташкентцам обосноваться в классе «А» и занять там видное место. В 1966 году клуб из города, разрушенного землетрясением, какое-то время лидировал в первенстве страны и шел без поражений. В Ташкенте Якушина боготворили и не хотели отпускать в сборную СССР. Но тренировать главную команду своей страны — высшая честь для тренера, считал Михаил Иосифович. Как же можно было отказаться?