Даже в докладной записке НКВД УССР в Военный совет Юго-Западного фронта от 6 марта 1942 г. признавалось, и на то время, «отсутствие единого руководства партизанским движением» (оно включало тогда 241 отряд, истребивший к 1 марта 234 офицера и свыше 11 тыс. солдат противника), которым продолжали заниматься опергруппы НКВД, политотделы, разведотделы штабов армий, особые отделы НКВД армий, опергруппы ЦК КП(б)У. «На линии фронта имеется большое скопление различных представителей от всех указанных организаций, которые работают вразнобой и мешают друг другу», отмечалось в документе. По-прежнему отсутствовала «материальная база у оперативных групп НКВД УССР», а партизаны ощущали острый дефицит даже обуви.
Наряду с формированием партизанских отрядов НКВД УССР стремился хотя бы частично парализовать железнодорожные перевозки противника, вывести из строя крупные железнодорожные узлы. В частности, с 1 сентября по 10 ноября 1942 г. с этими целями «выбросили» на территорию восточных и Киевской областей 23 диверсионные группы из 260 человек.
Формируемые НКВД партизанские отряды также не обошла проблема предательства. Например, как показало следствие по делу резидента немецкой разведки М. Глухова, в сентябре 1941 г. он был назначен НКВД УССР командиром соединения партизанских отрядов. 28 сентября 1941 г. М. Глухов добровольно прибыл в немецкую комендатуру г. Яготина (Киевская обл.) и выдал места базирования своих отрядов, тайники с оружием, взрывчаткой и продовольствием, а также дал широкие показания о системе организации партизанского движения в республике. На следующий же день в Ичнянских лесах оккупанты ликвидировали по его наводке партизанский отряд в 60 человек, затем нейтрализовали партизанские отряды на Полтавщине, подпольные группы в Харькове и других городах.
Серьезной проблемой для советской спецслужбы стали т. н. «лжепартизанские отряды» и «лжеподполье», с которыми довелось бороться и спецгруппам НКВД – НКГБ УССР. В одной лишь Киевской области к октябрю 1948 г. чекисты разоблачили 22 лжеподпольные группы и 18 лжепартизанских отрядов, арестовав 16 немецких агентов и 15 провокаторов.
Взаимодействие с партизанами значительно усложняло неудовлетворительное обеспечение средствами радиосвязи. В первый год войны только до 1,5 % партизанских формирований Украины поддерживали радиосвязь с «Большой землей», контакты обеспечивались курьерами, что приводило к быстрому устареванию добытых для действующей армии разведывательных данных. Однако к маю 1942 г. удалось передать партизанским отрядам (с 10 тыс. участников) 100 портативных радиостанций, создать три мощные радиостанции (две в Ворошиловграде и одну в Воронеже). При этом радиосвязь и далее оставалась проблемным местом зафронтовой работы. К 1943 г., например, было изготовлено только 120 штук изобретенной в НКВД УССР РПС – «радиостанция партизанского отряда».
Правда, дефицит радиотехники старались компенсировать системой связных и «конспиративных квартир». Всего за первый период войны НКВД УССР перебросил за линию фронта 2027 связных. Однако, в силу больших потерь или невозможности вернуться, в целом т. н. «курьерская связь» с партизанами и оставленными в тылу ДРГ не оправдала себя. Украину покрыли широкой сетью явочных квартир – в Киеве их оставили 64, в Харькове – 55, Одессе – 104, в Сумской области – до 100 и т. д.
Приходится признать, что просчеты в организации партизанского движения и достаточно эффективная система антипартизанских мероприятий противника обусловили во многом трагический характер партизанского движения на Украине в 1941–1942 гг. Из оставленных там до лета 1942 г. 1565 партизанских отрядов и групп (почти 35 тыс. человек) до 10 июня 1942 г. на связи с 4-м Управлением НКВД УССР находилось 111 отрядов (6896 человек). Из переброшенных в тыл врага в 1941 г. партизанских формирований выжило до 7 %.
Стоит принять во внимание и существенное ослабление кадрового оперативного состава НКВД республики, вызванное экстремальными условиями катастрофического начала войны. Уже к сентябрю 1941 г. 822 сотрудника НКВД УССР направили в действующую армию на должности политработников, до 1000 – на укомплектование особых отделов соединений Южного и Юго-Западного фронтов, до 500 занималось организацией истребительных батальонов. Тогда же в огромном «котле» в районе Конотоп – Ромны – Кременчуг – Хорол – Лубны в окружении оказалось 1835 сотрудников (из них 234 начальствующего состава), вышло – лишь 388 человек. До 5 тыс. сотрудников НКВД – НКГБ УССР во время эвакуации либо попали в армию, либо отправились в тыловые районы для налаживания там функционирования аппарата ведомства (Актюбинск, Энгельс и др. города).