В начале ноября 1943 года группа перебазировалась на аэродром Бордо-Мериньяк и была подчинена командующему морской авиации на Атлантике (Fligerfuehrer Atlantik).
Первый боевой вылет состоялся 21 ноября 1943 года. Целью группы стал конвой SLI 39/MKS 30, обнаруженный в 420 милях к северо-востоку от полуострова Финистере. В налете участвовало сразу 25 самолетов, каждый из которых нес по две бомбы Hs 293. Погода не слишком способствовала атаке с использованием управляемых бомб, низкая облачность затрудняла наведение бомб на цель. Кроме того, неопытные в морских налетах экипажи не сумели обнаружить главных сил конвоя. Удалось перехватить только два последних транспорта: «Marsa» и «Delius». Первый транспорт был потоплен, а второй получил повреждения, но сумел своим ходом дойти до базы. Во время налета произошел необычный воздушный бой между бомбардировщиками. Не 177 завязал бой с Consolidated B-24D «Liberator» из 224-й эскадрильи берегового командования. В задачу бомбардировщика входила защита конвоя от немецких подводных лодок. Но экипаж В-24 подошел к своей задаче творчески и атаковал бомбардировщики противника. Англичане обстреляли и повредили два Не 177, причем одному из них пришлось аварийно сбрасывать бомбы Hs 293 и выйти из боя. Отбив налет двух бомбардировщиков, экипаж взводного офицера Т.П. Уилсона вернулся к конвою и продолжил патрулирование. Налет II./KG 40 принес сомнительные результаты. У двух самолетов отказал механизм сброса бомб, один самолет был потерян в районе цели (был сбит?), один Не 177 упал в море в Бискайском заливе, а экипажу еще одного Не 177 пришлось прыгать с парашютами, когда у самолета закончилось топливо. Один Не 177А- 3 совершил вынужденную посадку на брюхо в Бордо из-за отказа шасси, еще три машины получили легкие повреждения. Капитан Петер Нусс заявил потопление двух судов. Вероятно, именно самолет Нусса потопил «Marsa».
26 ноября 1943 года 21 Не 177А-3 вылетели на перехват конвоя KM F 26 в районе мыса Бужи в Алжире. Уже на взлете сгорел один самолет, у которого начался пожар в мотогондоле из-за разрушения коленвала. В районе цели немцев встретила не только судовая зенитная артиллерия, но и истребители союзников: французские «Spitfire» Mk V из GC I/7, американские Bell P-39Q «Airacobra» из 350 th FG и английские Bristol «Beaufighter» Mk VI из 153rd Sqn. RAF. В бою с истребителями II./KG 40 потеряла шесть машин, в том числе самолет командира группы майора Рудольфа Монса (в 1940/41 г.г. Монс потопил судов общим водоизмещением 63000 брутто-тонн) и машину капитана Нусса. Управляемые бомбы поразили транспорт «Rohna», перевозивший живую силу. Транспорт быстро пошел ко дну. В сумерках и в условии сильного волнения спасательные работы быстро провести не удалось. В результате погибло около 1000 американских солдат, направлявшихся на фронт в Италию. Во время ночной посадки в Бордо группа потеряла еще две машины. Командование группой принял капитан Дохтерманн. Новый командир отменил дневные налеты и предложил ограничиться более безопасными ночными атаками. В ходе ночной атаки с самолетов сбрасывалось несколько осветительных бомб и в их свете наводились управляемые Hs 293. В конце года в группе оставалось всего четыре боеспособных Не 177, которые были собраны в составе 2-й эскадрильи. В январе 1944 года самолеты, вооруженные бомбами Hs 293, атаковали флот союзников в районе Анцио. 23 января удалось потопить судно водоизмещением 3000 тонн. В феврале 1944 года II./KG 40 получила машины Не 177А-5. В конце февраля аэродром Бордо-Мериньяк был атакован 150 бомбардировщиками из состава 8-й воздушной армии.