Полк действовал до 28 июля 1944 года. Затем Красная Армия подошла к границе Восточной Пруссии, и налеты пришлось прекратить. Полк отвели в Рейх и сконцентрировали на аэродромах на юге Германии.
Во второй половине 1944 года бомбардировочные части, оснащенные Не 177, практически не проявляли активности. KG 1 находилась на юге Германии, некоторые самолеты из KG 40 передали в учебный центр Flugzeugefuehrerschule (В) 16 в Бурге, в районе Магдебурга. Над Северным Морем продолжали действовать только 4. и 5./KG 100, базировавшиеся на голландских аэродромах.
Самолеты Не 177 использовались в составе частей метеорологической разведки (Wekusta), в том числе в Wekusta OKL 2.
До конца войны лишь отдельные самолеты продолжали летать. Причиной того был острый дефицит бензина, которого не хватало даже для истребителей, тем более для четырехмоторных колоссов. На земле стояли даже новые машины, которые, бывало, так ни разу и не поднимались в воздух. В последние дни войны, стоящие на земле машины стали жертвой авиации союзников.
Любопытный эпизод в истории Не 177 связан с захватом французскими «маки» одного Не 177А-5 из KG 40. Англичане давно хотели заполучить хотя бы один целый Не 177, но возможности такой не появлялось.
Первую информацию о Не 177 англичане получили 13 июня 1940 года от попавшего в плен пилота из KG 55, который наблюдал в Рехлине облет прототипов. Дальнейшая информация, получаемая от пленных, не позволяла создать цельной картины, а часто была противоречива или явно преувеличена. Так, один из пленных утверждал, что Не 177 маневреннее, чем даже истребительные модификации Ju 88. Другой пленный утверждал, что Не 177 может действовать с коротких полевых аэродромов, и что длина разбега и пробега у него даже меньше, чем у двухмоторного Do 217.
Высадившись во Франции, англичане обратили внимание на аэродром Бланьяк в районе Тулузы, где ремонтировались самолеты Не 177. Было решено захватить один экземпляр бомбардировщика. План захвата разработал командующий французским сопротивлением в районе Жер Ж.М. Старр (полковник Илер). Операцию должен был провести смешанный англо-американский отряд, сброшенный на парашютах 17 августа 1944 года. 2 сентября 1944 года поступил сигнал, что удалось захватить один исправный Не 177. Тогда транспортный самолет «Hudson» в сопровождении пары истребителей «Beaufighter» доставил в район Тулузы технический отряд из центра в Фарнборо. Командовал группой А.Ф. Хардз, начальниц центра RAE, который должен был вернуться в Англию на том же самолете, и Роланд Дж. Фолк, который должен был поднять в воздух трофейную машину. Английский самолет благополучно прибыл в Бланьяк, а спустя несколько дней Фолк перелетел на Не 177A-5/R6 Werk Nummer 550219 в Англию. Машина прежде принадлежала II./ KG 40. В Англии самолету присвоили номер TS 439.
Потом самолет подвергся всесторонним испытаниям. В полетах на нем участвовал в числе других капитан FAA Эрик Браун. Французам удалось захватить самолет Не 177А-0 Werk Nummer 32013, DR+IU. Это была учебная машина из состава IV./KG 40. Два исправных Не 177 на территории Чехословакии обнаружили советские войска.
Самолеты Не 177 использовались в следующих частях:
I./FKG 50
KG 1 «Hindenburg»
KG 40
KG 100 «Viking»
Erpobungs Kommando 177 (1942) Kampfgruppe 177 (1942)
KG 4 «General Waver»
KG 54 «Totenkopf»
KG 200
Erprobungs und Lehr Staffel 177 Fliegerfuehrer Nordmeer Fliegerfuehrer Atlantic
Окраска и обозначения
Сохранившиеся фотографии прототипов указывают на то, что машины Не 177 V1-V3 несли стандартный камуфляж боевых бомбардировщиков люфтваффе. Верхняя часть фюзеляжа, крыльев и хвостового оперения покрывались пятнами Flieglack 7122.70 RLM 70 Schwarzgruen и Flieglack 7122.71 RLM 71 Dunkelgruen, a нижняя сторона самолета покрывалась краской Flieglack 7122.65 RLM 65 Hellblau. Два следующих прототипа целиком были выкрашены серо-зеленой краской Flieglack 7122.02 RLM 02 Grau. Другие прототипы, в том числе V8, были снова выкрашены красками RLM 70/71, тогда как хвостовое оперение оставалось серым (RLM 02).