В октябре конструкторы провели серию испытаний штурмовика с 3.7 см пушкой Flak 18, а после их неудач – с 7.5 см ВК 7,5. Также в октябре были проведены испытания Wurfkorper (установка для запуска МАР). В итоге штурмовик решили вооружить четырьмя такими 21 -см Wurfkorpen. В феврале 1944 года на Hs 129 В-2 (W.Nr. 141689) было отработан киль новой конструкции. 20 мая В- I из первой партии Werknummer 3393 (sic, нетипичный номер в серии) был передан в Ill./LLG I для использования в качестве буксировщика планеров.
Вместе с испытанием вооружения были проведены работы в плане использования на штурмовиках бомб большего калибра. В ноябре 1943 года Hs 129 В-2 (W.Nr. 0266, DQ+2B) был модифицирован для несения 250- и 500-кг бомб. В следующем месяце на том же самолете стали отрабатывать подвеску 5 50-кг бомб в различных комбинациях. Одновременно на W.Nr. 140494 вооружили 7.5 см пушкой ВК 73, а на W.Nr. 0266 начали переоборудования хвостовой части. В августе 1944 года из-за нехватки оборудования работы приостановили и самолет порезали на металл.
Другая группа конструкторов фирмы вела работы по применению со штурмовика напалма. Летом 1944 года для этих целей передали Hs 129 В-2 (W.Nr. 142001), а после закрытия работ самолет передали дальнейших исиьгганий в Фальсберг. Но уже в сентябре 1944 года все испытательные самолеты были прикованы к земле, а вскоре и списаны окончательно.
Другим направлением экспериментов была попытка применения с Hs 129 неуправляемых противотанковых ракет: 70-мм "Panzerblitz I”, 55-мм "Panzerblitz И”, 210-мм Wcrfer Granaie W.Gr. 21 и 280-мм W. Gr. 28. Кроме того, испытывались различные варианты подвесок дополнительного 300-литрового топливного бака, а также вариант с катапультируемым креслом. В последнем случае два самолета были даже переоборудованы для статических и динамических испытаний.
Интересные детали также дают различные документы по потерям самолетов: так, в боях конца 1944 – начала 1945 годов были потеряны по крайней мере три Hs 129 В-2/ XVI ZS (W.Nr. 141582. 141722 и 141875). По всей видимости, этот префикс обозначал наличие радиостанции FuG 16 ZS (вариант FuG 16 Z, работавшей на частотах (40,3 – 44,7 MHz) наземных частей).