Истерзанные трупы парламентеров Овчаренко и Щетникова, а также 17 бывших советских и партийных работников, арестованных ещё в 1918 г., и расстрелянных белыми и японцами перед вступлением Красной армии в город, были выставлены в гробах для последнего прощания в здании гарнизонного собрания крепости Чныррах.
После освобождения Николаевска отряд партизан под командованием Анатолия Михайловича Фомина (Востокова) перешел на Северный Сахалин в помощь Александровскому ревкому. Здесь А.М. Фомин постановлением Первого съезда Советов был избран командующим войсками Северного Сахалина.
12 марта 1920 г. в Николаевске-на-Амуре должен был состояться съезд Советов Сахалинской области, что знаменовало восстановление советской власти во всей области и закрепляло юридически суверенитет РСФСР над территорией Северного Сахалина и Нижнего Амура, что противоречило целям и задачам Японии, стремившейся аннексировать эти территории.
В ночь с 11 на 12 марта японцы вероломно напали на органы советской власти, командование и части Николаевского фронта Красной армии, расквартированные в Николаевске-на-Амуре.
В результате внезапного нападения японцев сам Тряпицын был тяжело ранен, его заместитель Мизин и начальник его штаба Т. Наумов убиты. Погибло немало бойцов и командиров Николаевского фронта – более 150 человек, более 500 бойцов были ранены, не считая мирного русского населения.
На первом этапе боев в городе инициатива, благодаря внезапности нападения и потере руководства частями Красной армии, принадлежала японскому гарнизону, который поддержала большая часть японского населения.
Но через сутки к Николаевску подошел Горно-Амгуно-Кербинский полк, дислоцированный в селе Керби, во главе со своим командиром И.А. Будриным, который и взял на себя руководство боями в городе.
Бои продолжались несколько дней и закончились победой Красной армии. К вечеру 14 марта главные силы японцев были разгромлены, а 15 марта в 12 часов капитулировала их последняя группа. Большая часть японцев погибла в бою, взяты в плен 117 солдата и 11 женщин.
Практически вся японская колония (834 человека) – была истреблена русским населением и партизанами Николаевска-на-Амуре в ходе боёв и сразу же после боя, когда реальной власти, в результате гибели и ранений большинства руководства партизан и советской власти, не было. Эти действия населения и частей Красной армии Николаевского фронта японцы назвали «Николаевским инцидентом».
12 японок, бывших замужем за китайцами, спаслись, так как семьи скрыли их. Из числа иностранных граждан был арестован английский управляющий одного из крупнейших рыбных промыслов в городе Джон Фрид, которого затем расстреляли по обвинению в контрреволюционной деятельности.
После событий в Николаевске японцы начали полномасштабные боевые действия на Дальнем Востоке. Тряпицыну пришлось покинуть Николаевск и крепость Чныррах.
По свидетельству американского генерала Грэвса: «В Восточной Сибири совершались ужасные убийства, но совершались они не большевиками, как это обычно думали. Я не ошибусь, если скажу, что в Восточной Сибири на каждого человека, убитого большевиками, приходилось сто человек, убитых антибольшевистскими элементами… Жестокости были такого рода, что они, несомненно, будут вспоминаться и пересказываться среди русского народа и через 50 лет после их совершения».
В данном случае под Восточной Сибирью генерал У. Гревс имел в виду именно Дальний Восток России.
«Николаевский инцидент» стал поводом для японской оккупации Северного Сахалина, начатой 21 апреля 1921 г. Японские войска, дислоцировавшиеся на Южном Сахалине (Карафуто), отданном Японии Николаем II в 1905 г. по Портсмутскому миру, перешли 50‐ю параллель, начали планомерное продвижение на север. На 15 октября 1920 г. 1413 русских, 609 корейцев и 274 китайцев уже оказались под властью японской армии. К началу 1925 г. статус «новых иностранцев» в целом получили 7139 северных сахалинцев, включая автохтонов. Японский режим в целом отличался жесткой политикой дискриминации этнически неяпонского населения, что выражалось в насаждении японского языка, дискриминации на рынке труда и конфискации имущества иностранцев.
На Северном Сахалине было введено японское военно-гражданское управление и объявлено, что российские законы больше не имеют никакой силы.
Все учреждения обязали передать свои дела японской администрации.
Было введено обязательное для всех празднование дня рождения императора (31 августа у императора Ёсихито).
Населенные пункты и улицы получили японские названия.
20 января 1925 г. в Пекине между СССР и Японией был подписан договор. Согласно его статье 3: «Японское правительство должно к 1/15 мая 1925 г. полностью эвакуировать войска из Сахалина. Эвакуация должна начаться тотчас же, как только позволят климатические условия. Немедленно вслед за эвакуацией японских войск из всех районов Северного Сахалина и из каждого в отдельности над последними устанавливается полный суверенитет законных властей СССР».