До 11 октября корабли вели разведку, время от времени вступая в перестрелку с противником. 11 октября «Минусенок» вступил в бой с красными у деревни Комарково. Катер был обстрелян пулемётным и залповым ружейным огнем одновременно с разных сторон: с Комарковского быка, с территории самой деревни, с близлежащей сопки и с острова напротив деревни. «Минусенок» отвечал на огонь красных огнем из пулемётов, винтовок и из 37‐мм пушки Маклена. Пулемёты вскоре вышли из строя. На катере было ранено четыре человека, один из которых впоследствии скончался. Из-за ранения лоцмана командир «Минусенка» вынужден был повернуть обратно. Катер получил шесть подводных пробоин, а также попадания в надстройку и машинное отделение. За бой было израсходовано 200 артиллерийских снарядов, 600 пулемётных и 400 винтовочных патронов.
12 октября корабли «Иртыш» и «Тобол» повторно попытались подойти к деревне Подсиняя. У деревни Комарково они также были обстреляны с разных сторон, при этом бронированные рубки легко пробивались. Пробиться к деревне корабли не смогли и вскоре вернулись назад, имея по два тяжелораненых артиллериста.
13 октября у деревни Потрошилово столкновение с красными имели корабли «Тобол» и «Стрела», посланные к деревне для противодействия возможной переправе противника. Красные начали обстреливать их в районе перевоза. С кораблей ответили огнем из орудий, пулемётов и винтовок, после чего стали продвигаться вперед.
Но дойти они смогли лишь до поворота реки, где начинался перекат, и было мало воды. В этот момент на катере «Стрела» конденсатор стал всасывать мелкие камни и засорился, машина начала давать сбои, и катер стало выносить к правому берегу. Спасти положение удалось лишь благодаря находчивости машиниста Алексея Капустина: он смог быстро удалить все камешки из конденсатора, после чего машина заработала вновь. На «Стреле» было выпущено 175 артиллерийских снарядов, 783 пулемётных и 668 винтовочных патронов. За время боя на «Тоболе» было ранено два человека.
13 октября, убедившись в невозможности пройти вверх по Енисею, командующий флотилией на «Минусенке» вышел в Новоселово с целью доложить по телеграфу командующему войсками об обстановке и мерах, необходимых для спасения кораблей. 16 октября флотилия ушла вниз по течению, с трудом преодолев перекаты. В частности, «Иртыш» преодолел Чаешный перекат за пять часов. 18 октября командующий получил приказание вести корабли в Красноярск, куда и прибыл уже 21‐го. 1 ноября все корабли флотилии встали в затон, механизмы были частично разобраны и сданы на берег. Часть команды осталась на кораблях для охраны, остальные были списаны на берег.
В августе 1920 г. белые собирались усилить вооружение флотилии, сформировать флотскую учебную роту для подготовки специалистов и подчинить флотилию Морскому министерству.
Однако 6 января 1920 г. в Красноярск вошли части 30‐й дивизии Красной армии и сибирские партизаны. Уже в январе 1920 г. командование 5‐й армии принялось за вооружение своей флотилии, в состав которой были зачислены пароходы «Енисейск» и «Иртыш», и шесть катеров. Но воевать уже было не с кем, и все суда, кроме двух катеров, в апреле 1920 г. сдали Главводу.
Ну а катера «Абакан» и «Стрела» зачислили в Красноярский дивизион катеров, и они в марте 1920 г. были сданы Главводу.
Из доклада от 1 марта 1920 г. о брошенной белыми флотилии:
Судовой состав белой флотилии на Енисее:
Пароходы:
«Ангара» – бывший винтовой буксирный пароход. Построен в 1910 г. на заводе Цезаря Вильгельма в Козеле (Германия). Летом 1919 г. сдан прежним владельцам. Дальнейшая судьба неизвестна. 100 т; 39,9 × 6,4 × 1,6/1,77; железо; 500 л.с.; 14/5 вёрст в час; 31 чел.; 2 орудия.
«Енисейск» – бывший винтовой буксирный пароход. Построен в Англии. Принадлежал Томскому округу МПС. В январе 1920 г. включён в состав Енисейской флотилии красных. В апреле 1920 г. сдан Главному управлению водного транспорта НКПС (далее – Главод). Списан в 1954 г. 72 т; 42,6 × 6,5 × 1,8/2; железо; 700 л.с.; 15/5 вёрст в час; 29 чел.; 1–3‐дм полевое орудие обр. 1900 г. на колёсном лафете, 2 пулемёта.
«Инородец» – бывший колесный буксирно-пассажирский пароход. Построен в 1893 г. в Тюмени на заводе Ромашева. Принадлежал Средне-Сибирской компании пароходства и торговли (г. Красноярск). Дальнейшая судьба неизвестна. 35,5 × 8,9 × 0,75/0,96; железо; 90 л.с.; 15 чел.
«Иона» (до 1909 г. «Рыбак»; с 1909 по 1916 г. «Дачник»; с 1916 г. «Иона»; с 1920 г. П-100; с 1925 г. «Рыбак») – бывший винтовой буксирный пароход. Построен в 1904 г. в Нижнем Новгороде на Сормовском заводе. На момент зачисления в ЕРБФ принадлежал Северо-Енисейскому рыбному товариществу. В январе 1920 г. принят в состав Енисейской флотилии красных. В апреле 1920 г. сдан Главоду. Списан в 1927 г. 4,8 т; 17,37 × 3,2 × 1,14/1,37; железо; 80 л.с.; 8/3—4 вёрст в час; 2 пулемёта.