Флотилия должна была находиться в боевой готовности к 25 мая, что и было сделано. База флотилии находилась в Красноярске. Она состояла из мобилизованных и вооружённых судов гражданского флота и находилась в ведении Военного министерства. Денежное, пищевое и вещевое довольствие личный состав флотилии получал от штаба командующего войсками Енисейской губернии. Штаб также оплачивал топливо для кораблей флотилии, обеспечивал флотилию артиллерией и боезапасом.
Из офицеров флота, помимо лейтенанта Покровского, в составе флотилии числились старший лейтенант Забелин (командовавший действовавшим осенью Минусинским отрядом), мичман Яблоновский (флагманский инженер-механик) и мичман Лидак (командир корабля «Енисейск»). 22 мая 1919 г. в командование флотилией вступил капитан 2‐го ранга М.И. Щербицкий. Он командовал флотилией чуть больше двух месяцев. Основой командного состава флотилии были работники речного флота, привлекаемые по вольному найму: на 4 сентября на кораблях флотилии работало 42 человека вольнонаемных речников. Должности командиров кораблей исполняли сухопутные офицеры. Команды, помимо вольнонаемных речников, состояли из сухопутных солдат.
В состав Енисейской флотилии вошли 8 пароходов, из которых только один был колесным.
Пароход «Енисейск» был построен в Германии для Министерства путей сообщения. 12 июля 1905 г. он вышел из Гамбурга и 10 октября того же года прибыл в Енисейск. «Енисейск» был вооружён одной 76‐мм полевой пушкой обр. 1900 г. на колесном лафете.
Единственным колесным пароходом был «Инородец» (с 1930 г. «Комсомолец», с 1932 г. «Сибиряк»), построенный в 1898 г. в Тюмени. Вооружение его состояло из одной 76‐мм пушки.
Пароходы «Ангара» и «Иртыш» – винтовые, Министерства путей сообщения. Оба перешли Севморпутем из Германии в 1914 г. Оба были вооружены двумя 37‐мм пушками Маклена.
Вооружение винтовых пароходов «Иона», «Красноярец», «Обь» и «Тобол» установить не удалось.
Кроме того, в белой флотилии состояли 8 катеров, вооружённых 1–2 пулемётами. Часть их была вооружена 37‐мм пушками Маклена.
Снабжение флотилии топливом было организовано следующим образом: каменный уголь получался с находившихся вблизи Красноярска частных угольных копей Баландиной; керосин и бензин для катеров – со складов товарищества Нобеля и из казенных запасов в затоне Красноярска; спирт, использовавшийся для составления топливной смеси для одного из катеров – с казенного винного склада; дрова – со складов Акционерного общества пароходства по Енисею и непосредственно по берегам реки.
Боевое крещение флотилия приняла в ходе Тасеевской противопартизанской операции.
Утром 2 июня 1919 г. флотилия вышла из Красноярска вниз по реке, конвоируя транспорты с войсками. Командующий флотилией был подчинен начальнику отряда – командиру 3‐го Ставропольского полка полковнику Ромерову. Вооружённым пароходам и двум моторным катерам была поставлена задача охраны всей флотилии, а паровые катера выполняли авангардную разведку.
С 2 по 10 июня флотилия спускалась вниз, несколько раз высаживала на берег десант. Белым противостояли отряды Тасеевской партизанской армии – «Таёжный рабочий» и «Северный».
В первых числах июня «Таежный рабочий» вошел в село Казачинское. Гарнизон белых занял оборону в церкви, которая стояла на высоком фундаменте и была обнесена каменной оградой. Три дня партизаны вели подкоп под церковь, чтобы взорвать её с помощью имевшегося у них пуда динамита. Но из Красноярска по тракту и на пароходах подошло сильное подкрепление, и партизаны вынуждены были отступить. Они закрепились в деревне Мамотово, но вскоре были выбиты оттуда десантом с кораблей флотилии, высадившимся выше и ниже деревни. Но вскоре части белых были вынуждены отступить обратно в Казачинское.
К 16 июня Таежный отряд сосредоточился в деревне Большая Мурта, но, узнав о приближении основных сил флотилии, его командир Ф.Я. Бабкин принял решение отступить в деревню Посольная.
10 июня сухопутные подразделения белых высадились у деревни Савиной и двинусь к деревне Кулаково на Ангаре. Другой отряд высадился в селе Юксеевское на левом берегу Енисея, откуда начал наступление вдоль берега реки, который был очищен от красных.
Катера и часть транспортов с малой осадкой перешли в подчинение лейтенанту Покровскому. Остальные корабли и суда под командой капитана 2‐го ранга Щербицкого должны были охранять тыл. Корабли под командованием Покровского должны были идти в Ангару для высадки десанта. 11 июня десант с катеров «Стрела», «Минусенок», «Джой» и «Разведчик» занял деревню Кулаково. 12 июня десант с катеров «Стрела» и «Джой» занял деревню Кондаково. После этого катера ещё высаживали десанты для занятия различных населенных пунктов и проведения разведки.