Боярин Борис Годунов сразу же решил приблизиться к новому государю. Сделать это было нетрудно, так как он был братом жены царя Федора — Ирины Федоровны Годуновой. После венчания Федора на царство, которое состоялось 31 мая 1584 года, Годунов был одарен небывалой до того времени царской милостью. Вместе с титулом самого ближнего великого боярина (а также наместника Казанского и Астраханского царств), он получил самые лучшие земли на берегах Москвы-реки и возможность собирать разные сборы сверх его обычного жалованья. Все это приносило Годунову доход около 900 тысяч серебряных рублей в год. Таких доходов более ни у кого из бояр не было.
Скоро Бориса Годунова стали считать подлинным правителем, всем было очевидно, что именно он правит государством от имени царя.
Федор Иванович очень любил свою жену, поэтому в ее брате тоже видел только хорошее, он доверял Годунову безоговорочно. Борис Федорович Годунов стал, по сути, единовластным правителем России.
Царь Федор даже и не пытался интересоваться делами в государстве. Вставал он очень рано, принимал у себя в покоях своего духовного отца, затем дьяка с иконой того святого, чей день ныне отмечался, царь целовал икону, далее после продолжительной молитвы принимался за обильный завтрак. И весь день государь или молился, либо ласково разговаривал со своей женой, или беседовал с боярами о пустяках. Вечером он любил развлекаться с придворными шутами и карликами. После ужина царь снова долго молился и ложился спать. Регулярно он выезжал в паломничества по святым обителям и православным монастырям в сопровождении целой свиты телохранителей, приставленных к царю и его жене Годуновым.
Тем временем сам Борис Годунов занимался важными проблемами внешней и внутренней политики. Царствование Федора Ивановича проходило мирно, так как ни царь, ни Борис Годунов не любили войну. Только однажды пришлось русским войскам взяться за оружие, в 1590 году, чтобы отвоевать у шведов захваченные при Иване Грозном Корелу, Иван-город, Копорье и Яму.
Годунов всегда помнил о сосланном в Углич вместе с матерью малолетнем царевиче Дмитрии (сыне Ивана Грозного) и прекрасно понимал, что он не удержится у власти, если вдруг умрет Федор Иванович. Ведь тогда преемником престола объявят Дмитрия как сына Ивана IV, законного наследника престола и продолжателя рода Рюриковичей.
Хитрый Годунов тогда стал распускать слухи о неизлечимой болезни Дмитрия, о жестокости мальчика по отношению к животным и людям. Борис всех пытался убедить, что Дмитрий так же кровожаден, как и его отец.
Трагедия в Угличе
Царевич Дмитрий
родился за два года до смерти отца — Ивана Грозного. В Угличе наблюдать за царевичем и его матерью Борис Годунов приставил своего доносчика, Михайло Битяговского.Царевич Дмитрий от рождения страдал падучей болезнью (эпилепсией), отчего временами падал на землю и бился в судорогах. При невыясненных обстоятельствах 15 мая 1591 года он погиб в Угличе, в возрасте девяти лет.
Вместе со своей нянькой Дмитрий вышел погулять во двор, где в тот момент другие дети играли в «тычку» (на меткость втыкали ножечки). Что произошло в тот момент во дворе, до сих пор достоверно никому неизвестно. Возможно, царевич Дмитрий был убит кем-то из игравших детей или находившихся неподалеку слуг (убит по приказу Бориса Годунова).
Или же у него начался припадок, Дмитрий упал на землю и случайно сам себе перерезал горло. Игравший с царевичем Петруша Колобов впоследствии так рассказывал: «…Играл-де царевич в «тычку» ножичком… и пришла на него болезнь, падучий недуг, и набросился он на нож».
Существует и третья версия: в Угличе был убит другой мальчик, а царевич Дмитрий остался жив, но эта версия самая маловероятная.
Сбежавшийся народ увидел на крыльце дворца плачущих над телом царевича мать и кормилицу, которая выкрикивала имена убийц, подосланных Годуновым. Толпа расправилась с Битяговским и его помощником Качаловым.
В Москву послали гонца с трагической вестью. Гонца из Углича встретил Годунов и, возможно, подменил грамоту, в которой говорилось, что царевича убили. В той грамоте, которую от Бориса Годунова вручили царю Федору, было написано, что Дмитрий в припадке падучей болезни сам упал на нож и зарезался.
Прибывшая из Москвы следственная комиссия во главе с князем Василием Шуйским долго всех расспрашивала и решила, что все-таки произошел несчастный случай. Вскоре мать зарезанного царевича Дмитрия была пострижена в монахини.
Отмена Юрьева дня и введение патриаршества
Вскоре, в июне 1591 года, крымский хан Казы-Гирей
напал на Москву. В посланных царю грамотах он уверял государя, что идет воевать с Литвой, а сам вплотную подошел к Москве.