16 октября 1604 года Лжедмитрий в сопровождении поляков и казаков двинулся на Москву. Народ был полон воодушевления и не внимал речам даже московского патриарха, который говорил, что идет самозванец и обманщик.
В январе 1605 года Годунов отправил против самозванца войско, одержавшее над Лжедмитрием победу. Самозванец был вынужден уйти в Путивль. Сила его была не в армии, а в народной вере, что он законный наследник престола, и со всей России к Лжедмитрию стали стекаться казаки и беглые крестьяне.
Неожиданно здоровый на вид Борис Годунов 13 апреля 1605 года пожаловался на дурноту. Позвали лекаря, но царю с каждой минутой становилось все хуже и хуже, из ушей и носа пошла кровь. Борис успел назвать своим преемником сына Федора и потерял сознание. Вскоре он умер. Похоронили Бориса Годунова сначала в Варсонофьевском монастыре в Москве, позднее по приказу царя Василия Шуйского его прах перенесли в Троице-Сергиеву лавру.
Федор Годунов — царь и великий государь всея Руси
Сын Бориса Годунова Федор Борисович Годунов
был умным и образованным юношей, который нравился всем окружающим. Молодому наследнику престола бояре и приближенные присягнули на верность, но за его спиной тихо говорили, что царствовать Федору осталось совсем недолго. Все ждали прихода Лжедмитрия.Вскоре воевода Басманов вместе с войском признал самозванца царем и присягнул Лжедмитрию. Войско провозгласило самозванца государем и двинулось к Москве. Люди верили, что видят настоящего царевича Дмитрия, и встречали его на всем пути до столицы радостными возгласами и хлебом-солью.
Меньше двух месяцев царствовал Федор Борисович, не успев даже повенчаться на царство. Юному государю тогда было всего 16 лет.
1 июня послы Лжедмитрия появились в Москве. Колокольный звон собрал горожан на Красную площадь. Послы зачитали народу грамоту, где Лжедмитрий дарил людям свое прощение и угрожал Божьим судом тем, кто не захочет признать его государем. Многие сомневались, что это тот самый Дмитрий — сын Ивана Грозного. Тогда вызвали на Лобное место князя Шуйского, который расследовал смерть царевича Дмитрия, и просили его рассказать правду о смерти царевича в Угличе. Шуйский клялся и признал, что был убит не царевич, а другой мальчик — поповский сын. Толпа людей пришла в негодование, и народ бросился в Кремль — расправляться с Годуновыми.
Федор Годунов сел на трон, надеясь, что, увидев его в царском облачении, люди остановятся. Но для ворвавшейся толпы он уже перестал быть государем. Дворец подвергли разграблению. Опустошили все имения и дома близких Годунову бояр. Патриарха Иова сместили, сняли с него патриаршие облачения и отправили в монастырь.
По приказу Лжедмитрия Федора Годунова и его мать — Марию Годунову удушили, а сестру Ксению оставили в живых. Народу же объявили, что царь и царица покончили жизнь самоубийством. Их тела выставили на всеобщее обозрение. Выкопали и гроб с телом Бориса Годунова. Всех троих без проведения церковных обрядов похоронили в бедном Варсонофьевском монастыре. Впоследствии по приказу царя Василия Шуйского их останки перенесли в Троице-Сергиеву лавру.