В Польше Карский работал под началом генерала Ровецкого, верховного главнокомандующего Союза вооруженной борьбы, внутренних вооруженных сил Сопротивления, переименованных в феврале 1942 года в АК — Армию Крайову (то есть Отечественную армию)[7]. В 1940–1942 годах поручик Ян Козелевский носил псевдоним Витольд. Под этим именем его знали в подполье. Витольд Кухарский был арестован в Словакии, передан в гестапо, подвергнут пыткам и бежал. Именно это имя стояло в указе, подписанном генералом Ровецким в феврале 1941 года, о награждении эмиссара орденом Воинской доблести
Псевдоним Ян Карский присвоило Витольду лондонское правительство, когда летом 1942 года он готовился, по поручении главы Делегатуры Сирила Ратайского и лидеров политических партий, к крайне рискованной поездке в Лондон в качестве посланца внутреннего гражданского Сопротивления.
В 1987 году Ян Карский пересказал своему биографу Станиславу М. Янковскому разговор, который состоялся у него с Ратайским незадолго до отъезда в Лондон:
— Я хочу попросить вас встретиться перед отъездом с представителями еврейских организаций. Вы сможете это сделать?
— Разумеется, пан делегат.
— Вы повезете в Лондон поручения от политических партий. Они к этим партиям не принадлежат, но они тоже польские граждане. И надо выслушать их, если они хотят что-то передать.
О том, что последовало дальше, рассказано в незабываемой главе «Гетто», которая начинается со встречи курьера с одним из руководителей еврейской социалистической партии Бунд Леоном Фейнером и одним из лидеров сионистов. Это была официальная часть его «еврейской миссии»: запомнить и передать по назначению вопросы еврейской общины правительству и ее наказы двум представителям еврейского меньшинства в лондонском Национальном совете: адвокату Игнатию Шварцбарту и рабочему-бундовцу Шмулю Зигельбойму. Карский знал, что еврейская секция бюро информации АК уже собрала и микрофильмировала все документы, которые подтверждали преступления, творящиеся в варшавском гетто, и акции по уничтожению евреев, начавшиеся в Треблинке, Белжеце, Собиборе. В Лондоне и Нью-Йорке считали информацию об этих зверствах преувеличенной. Поэтому Ян Карский согласился дополнить официальную часть добровольной ролью очевидца, понимая, что это может стоить ему жизни. Зато он получит право говорить о том, что видел собственными глазами, и просить ускорить помощь.
Драгоценные микрофильмы, которые он привез в Париж запаянными в обычный ключ, попали в Лондон 17 ноября 1942 года. А 28 ноября, когда в Лондон прибыл сам курьер, польские власти заверили его: первый двухстраничный доклад, обобщающий материалы об уничтожении евреев, передан правительствам союзников и еврейским организациям в Лондоне. Этот первый «доклад Карского» послужил подтверждением информации, которую в августе 1942 года обнародовал в Швейцарии член Всемирного еврейского конгресса Герхарт Ригнер и которую подвергли сомнению в Соединенных Штатах.
2 декабря Карский передал устные воззвания из гетто обоим еврейским представителям в Национальном совете. Он также выступил перед польским Советом министров и лично беседовал с министром иностранных дел Эдвардом Рачинским, которому было поручено передать привезенную им информацию британским властям и распространить ее как можно шире. 17 декабря Рачинский выступил по радио
В феврале 1943 года Карский дважды встречался и с британским министром иностранных дел Энтони Иденом. Однако, к разочарованию поляков, до Уинстона Черчилля Иден его не допустил. Решение отправить эмиссара Карского в США, принятое в мае сорок третьего, связано с ухудшением польско-советских отношений.