9 августа 1945 года нарком авиапромышленности подписал приказ об устранении дефектов на самолетах Як-9 с мотором ВК-107А в кратчайшие сроки. Спустя 15 дней вышло постановление ГКО о приостановке выпуска самолетов Як-9 с моторами ВК-107А, которым заводу № 31 предписывалось устранить дефекты на Як-3 с ВК-107А, аналогичные выявленным на Як-9 с ВК-107А.
К концу августа 1945 года завод № 31 успел выпустить 36 машин, из которых шесть сдал военному представительству по готовности к бою. К октябрю для ВК-107А был разработан и испытан новый маслорадиатор № 700. На заводе № 115 его установили на головной серийный самолет Як-3 № 7003 и с 8 ноября по 3 декабря 1945 года провели летные испытания. На машине также изменили схему продува внутренних выхлопных коллекторов и добавили расходный бензобак. Это позволило обеспечить рабочие температуры системы охлаждения и смазки на всех режимах работы мотора ВК-107А в допустимых пределах. Но на повторные государственные испытания машину не передавали.
В марте 1945 года в инициативном порядке на заводе в Саратове началась подготовка к выпуску цельнометаллического крыла и сборка первого Як-3 с мотором ВК-107А, вооруженного тремя пушками Б-20. 30 апреля эту машину выкатили на аэродром. В мае на ней планировалась отработка топливной и масляной систем двигателя, отстрел вооружения и испытания в воздухе. 16 мая 1945 года первый серийный самолет Як-3 ВК-107А завода № 292 поднялся в воздух. До конца мая на самолете выполнили три полета, показав максимальную скорость у земли 594 км/ч и 707 км/ч — на второй границы высотности.
На втором самолете № 0201 провели цикл статических испытаний, а первый серийный экземпляр машины, после завершения заводских испытаний по определению летных данных и температурных режимов систем водо- и маслоохлаждения, передали на эксплуатационные испытания для проверки прочности ее агрегатов. Поскольку на самолете № 0101 было установлено неусиленное крыло, испытания проводились только на посадки. После 349-й посадки сорвалась с заклепок рубашка тормозного диска правого колеса, на 360-й — лопнула обойма внутреннего подшипника левого колеса. Испытания прекратили после 365-й посадки из-за обрыва 5-й группы шатунов двигателя ВК-107А.
Уже после этого при разборке правой амортизационной стойки в ее цилиндре обнаружили поломку «иглы». Естественно, были приняты соответствующие меры по устранению обнаруженных дефектов.
После этого все три Як-3 ВК-107А саратовского завода передали в НИИ ВВС. Государственные испытания машины начались 10 апреля 1946 года, и 20 мая из-за неудовлетворительной работы силовой установки они были прекращены.
После доводки в ЛИИ 29 июня Як-3 ВК-107А № 0101 поступил на повторные государственные испытания, проходившие с 5 по 30 июля. В ходе испытаний к ним подключились самолеты № 0301 и № 0401 (полетный вес — 2991 кг). Причем в состав вооружения первых двух машин входили мотор-пушка Б-20М и две синхронные Б-20С с общим боекомплектом 360 патронов, а № 0401 — предъявили с двумя синхронными орудиями.
На самолетах стояли приемник РСИ-6 и передатчик РСИ-6М, электрогенераторы ГС-15-200 и аккумуляторы 12А-5, а также кислородные приборы КП-14 с двумя баллонами.
Ведущими на этом этапе были инженер A. Т. Степанец, летчики А. Г. Прошаков, B. И. Хомяков, Ю. А. Антипов. Самолеты облетали В. Е. Голофастов, В. Г. Иванов, Л. М. Кувшинов и П. М. Стефановский.