Комиссия рассматривала “преступные ошибки” и случаи служебной халатности, допущенные прежним руководством Министерства госбезопасности. Это было обычной практикой: всякий раз при смене руководства в министерствах (обороны, безопасности или иностранных дел) Центральный комитет назначал комиссию для рассмотрения деятельности старого руководства и передачи дел.
Среди вопросов, которые изучала комиссия Кузнецова, был и такой: приостановление предшественником Абакумова наркомом государственной безопасности Всеволодом Меркуловым в 1941–1945 годах уголовного преследования сторонников Троцкого. Неожиданно всплыли мои и Эйтин-гона подозрительные связи с известными “врагами народа” — руководителями разведки ОГПУ — НКВД в 1930-е годы.
Абакумов прямо обвинил меня и Эйтингона в “преступных махинациях”: мы вызволили своих “дружков” из тюрьмы в 1941 году и помогли им избежать заслуженного наказания.
Сказанное возмутило меня до глубины души: речь шла о клевете на героев войны, людей, преданных нашему делу. Охваченный яростью, я резко оборвал его.
— Не позволю топтать сапогами память героев, погибших в войне, тех, которые проявили мужество и преданность своей Родине в борьбе с фашизмом. В присутствии представителя Центрального комитета я докажу, что дела этих чекистов были сфабрикованы в результате преступной деятельности Ежова, — заявил я в запальчивости.
Кузнецов (он знал меня лично), вмешавшись, поспешил сказать, что вопрос закрыт. Обсуждение на этом закончилось, и я ушел.
Вернувшись к себе, я тут же вызвал в кабинет Серебрянского, Зубова, Прокопюка, Медведева и других сотрудников, подвергавшихся арестам и увольнениям в 1930-х годах, и предложил им немедленно подать в отставку. Особенно уязвимым было положение Зубова и Серебрянского, чьи дела вел в свое время Абакумов».
Так полковник Серебрянский покинул службу в «добровольно-принудительном» порядке. 29 мая 1946 года его отправили на пенсию «по состоянию здоровья». Яков Исаакович обратился в Управление кадров министерства с просьбой уволить его в отставку по возрасту, однако в изменении формулировки ему было отказано.
«Значительно чаще я стал видеть отца после его выхода в отставку в 1946 году. Но и тогда он был занят: много читал, переводил, писал, и я старался его особенно не беспокоить.
Находясь на пенсии, отец получил заказ на перевод и переводил с французского для издательства Иностранная литература справочники “Канада” и “Португалия”».
Между тем операция по Палестине развивалась по разработанному Серебрянским сценарию. Для работы по окончательно принятому плану сам Судоплатов подобрал нескольких сотрудников своего управления, уже имевших значительный опыт нелегальной работы. Однако, обосновавшись в Хайфе, они выполняли роль чисто наблюдательного порядка, своевременно информируя Центр о происходящих там событиях.
4-е Управление МГБ СССР, действовавшее всю войну, было упразднено только приказом МГБ 9 октября 1946 года. Павлу Анатольевичу Судоплатову удалось избежать очередной чистки в органах государственной безопасности и продолжить службу в центральном аппарате МГБ.
Так, после образования МГБ СССР он совмещал должности руководителя 4-го Управления и Отдела «С» министерства. Приказом министра МГБ СССР от 15 февраля 1947 года на генерал-лейтенанта Судоплатова была возложена организация Службы «ДР» (диверсия и террор), созданной для развертывания в случае войны разведывательно-диверсионной агентурной работы против военностратегических баз США и их союзников, расположенных вокруг СССР. 30 мая Отдел «С» МГБ СССР был расформирован, и Павел Анатольевич полностью сосредоточился на организации Службы «ДР» министерства.
В 1949 году министр госбезопасности Абакумов неожиданно предложил ликвидировать Службу «ДР». Решение вопроса затянулось. Только осенью следующего года началась реорганизация Службы. На основании специальных постановлений Политбюро ЦК ВКП(б) приказом МТБ № 00532 от 28 сентября 1950 года было создано Бюро № 1 МГБ СССР (начальник — генерал-лейтенант П. А. Судоплатов), а приказом МГБ № 00533 от 28 сентября 1950 года — Бюро № 2 МГБ СССР (начальник — генерал-майор В. А. Дроздов). Обе структуры действовали на правах управлений и подчинялись непосредственно министру.
На Бюро № 1 возлагались те же функции и задачи, что и на Службу «ДР». Что касается Бюро № 2, то оно было организовано для выполнения специальных мероприятий внутри Советского Союза.
Согласно секретному постановлению Политбюро ЦК ВКП(б), Судоплатов совместно со своим заместителем Эйтингоном приступил к разработке боевых операций во Франции, Турции, Иране, Австрии, Норвегии и ряде других зарубежных стран. Однако в силу разных причин эти операции так и не были осуществлены.