Позже генерал Судоплатов вспоминал, что когда он 27 июня пришел на Лубянку, его пригласили в малый конференц-зал, где собрались все руководители самостоятельных отделов и управлений, а также все заместители министра, кроме Богдана Кобулова. Сидевший на председательском месте Сергей Круглов сообщил, что «за провокационные антигосударственные действия, предпринятые в последние дни, по распоряжению правительства Берия арестован и содержится под стражей» и что министром внутренних дел назначен он. Круглов обратился к собравшимся с просьбой продолжить спокойно работать и выполнять его приказы.
Выступивший затем первый заместитель министра внутренних дел Иван Серов сообщил, что за преступную связь с Берией были арестованы его заместитель Богдан Кобулов и брат Богдана Амаяк Кобулов, являвшийся с мая 1953 года заместителем начальника Контрольной инспекции при МВД, начальник военной контрразведки Сергей Гоглидзе, министр внутренних дел Украины Павел Мешик, начальник охраны Берии Рафаэль Саркисов и начальник секретариата Берии Борис Людвигов.
Вообще следует отметить, что арест Берии стал крахом карьеры для многих сотрудников органов госбезопасности. Только по линии МТБ — МВД были отправлены в отставку или арестованы и лишены воинских званий более ста генералов и полковников.
Вслед за арестом Берии, 1 июля 1953 года, Г. М. Маленков назначил секретаря ЦК партии Н. Н. Шаталина первым заместителем министра внутренних дел СССР. По сути дела, в МВД СССР он выполнял роль представителя ЦК партии, как бы чрезвычайного комиссара, без которого не решался ни один вопрос.
15 июля Маленков и Шаталин выступили на закрытом собрании партийного актива руководящего состава МВД с объяснением причин ареста Берии и исключения его из партии. Шаталин, в частности, рассказал, что для усыпления бдительности Берии ЦК КПСС сознательно пошел на обман, принимая заведомо ложные решения и отдавая соответствующие неправильные распоряжения, так как «совсем непросто было спланировать и провести арест такого злодея».
По словам участника собрания генерала Судоплатова, эти объяснения для них, профессионалов, звучали наивно и по-детски беспомощно. Далее Судоплатов продолжал: «Эйтингон, Райхман[18]
и я, сидевшие рядом, обменялись многозначительными взглядами. Мы сразу поняли, что никакого бериевского заговора не существует, был антибери-евский заговор в руководстве страны.Сразу после Шаталина слово взял заместитель министра по кадрам Обручников и назвал Райхмана, Эйтингона и меня лицами, не заслуживающими доверия. Он вовсе не был нашим врагом — он выполнял то, что ему приказали.
Обручников обрушился на меня за то, что я окружил себя одиозными и подозрительными личностями вроде Эйтингона, Серебрянского и Василевского, ранее арестовывавшимися и отстраненными от работы в разведке. Все мои попытки ответить на эти обвинения пресекались председательствовавшим Серовым».
Вскоре 9-й (разведывательно-диверсионный) отдел МВД СССР был расформирован. Судоплатов продолжал аккуратно появляться на работе, но никаких существенных дел ему не поручали.
21 августа 1953 года по ложному обвинению в причастности к «заговору Берии» Судоплатов был арестован. Ему также инкриминировали преступные связи с «врагами народа» Серебрянским, Малли, Сосновским, Шпигельглазом и другими разведчиками-нелегалами.
Через пару месяцев после ареста Судоплатова всех принятых им на службу в 1953 году бывших «врагов народа» снова уволили.
А 8 октября 1953 года решением Генерального прокурора СССР Серебрянский вновь был арестован «за тяжкие преступления против КПСС и Советского государства». В тот же день была снова арестована и его жена — Полина Натановна.
«Вечером 7 октября 1953 года я, как всегда, пожелал отцу и маме спокойной ночи. Я не мог предположить, что отца я больше никогда не увижу, а с мамой буду разлучен на долгие три года.
Днем 8 октября возвращаюсь из института. В прихожей меня встречает незнакомый человек в штатском. Дверь в кабинет отца, выходившая в прихожую, открыта. В кабинете слышатся звуки падающих на пол книг.
— Ваши родители арестованы. Заканчивается обыск.
— За что?
— Надо будет — вам объяснят.
В голове пустота. Молча наблюдаю, как с полок снимают книги, бегло просматривают их и бросают на пол.
Через некоторое время все уходят, опечатав в квартире две комнаты из трех».
Долгая дорога к реабилитации
Сначала Якова Исааковича обвинили в причастности к «делу Берии», а также в том, что он избежал высшей меры наказания в начале войны только благодаря заступничеству Судоплатова, связанного с «делом Берии».
В процессе следствия по уголовному делу, возбужденному против Серебрянского Военной прокуратурой, какой-либо его связи с «делом Берии» выявлено не было. Да и каким он мог быть сообщником Берии, если именно по распоряжению последнего был арестован, а затем приговорен к расстрелу?