С 1 марта 2011 г. сервис «Яндекс. Деньги» начал принимать интернет-платежи по банковским картам Visa и MasterCard без комиссии (изначально комиссия за перевод средств с банковской карты в электронный кошелек составляла 3,5 %, потом снизилась до 1,5 %).
И клиенты получили возможность платить при нулевом балансе электронного кошелька — необходимые средства списываются с банковской карты, хотя и пройдя предварительно через систему «Яндекс. Деньги». Техническим партнером услуги выступил «Райффайзенбанк». «Идеальный платеж должен быть бесшовным, бесплатным и безналичным», — прокомментировала новацию Евгения Завалишина, генеральный директор «Яндекс. Денег». Возможно, но с экономической точки зрения странно, поскольку эквайринг (обслуживание банковских карт) стоит 2–2,5 %. По всей видимости, в сервисе «Яндекс. Деньги» решили, что с 7,5 млн пользователей можно себе позволить эксперименты на грани рентабельности. Кроме того, любое расширение проекта перед выходом на IPO благотворно влияет на капитализацию компании и, соответственно, цену размещения акций.C 15 марта 2011 г. платежная система Qiwi (Mail.Ru Group владеет 21,4 % Qiwi) прекратила принимать платежи для пополнения счетов в «Яндекс. Деньгах», а немного погодя и в адрес Delta Key, IntellectMoney, Money Money, MoneyMail, RBK Money, WebCreds, Webtransfer, ZPayment, «Монета. Ру» и «Рамблер-Плюс». То есть 11 платежных систем лишились в одночасье возможности пополнять счета через терминалы Qiwi. На тот момент через терминалы и другие системы приема наличности в электронные платежные системы вводилось до 50 % всех платежей. По одной из версий, отключение сервиса «Яндекс. Деньги» стало ответом Qiwi на запрет со стороны «Яндекс. Денег» своим пользователям переводить деньги в «Qiwi кошелек».
Менее чем через три месяца прервал отношения с сервисом «Яндекс. Деньги» совладелец Qiwi — компания Mail.Ru Group, которая с 1 июня прекратила принимать платежи от «Яндекс. Денег» в качестве оплаты онлайн-игр, приносящих Mail.Ru Group 30 % выручки (около $100 млн). Примерно десятая часть этой суммы оплачивалась игроками через «Яндекс. Деньги». Тем не менее отказник объяснил свое решение экономической целесообразностью. Вице-президент игрового направления Mail.Ru Group Владимир Никольский заявил следующее: «Мы неоднократно обращались в “Яндекс. Деньги” по вопросу снижения комиссии, но каждый раз получали отрицательный ответ».
Заместитель гендиректора «Яндекс. Денег» Наталья Хайтина, возмущенно отметив, что они даже не были уведомлены о расторжении договора, охарактеризовала решение Mail.Ru Group как прием «конкурентной борьбы».
Все становится на свои места, как только мы вспомним, что за Qiwi и Mail.Ru Group стоит Юрий Мильнер, конкурент и антагонист Аркадия Воложа.
В 2012 г. в рамках компании «Яндекс. Деньги» совместно с Visa и MasterCard был запущен проект, в рамках которого средства можно перевести на любую банковскую карту Visa и MasterCard в 25 странах.
И как итог этого выдающегося проекта — или как новая высота — вопрос взгляда: в конце 2012 г. было объявлено о сделке, согласно которой 75 % ООО «ПС «Яндекс. Деньги» покупает Сбербанк РФ за $60 млн, а за «Яндексом» остался блокирующий пакет: 25 % плюс 1 рубль. То есть дочерняя компания «Яндекса» ООО «ПС Яндекс. Деньги» (получившая 27 сентября 2012 г. статус НКО — небанковской кредитной организации) была оценена в $80 млн. Руководителем совместного предприятия была назначена Евгения Завалишина, возглавляющая «Яндекс. Деньги» с 2006 г. В состав совета директоров вошли три представителя Сбербанка (Александр Торбахов, Денис Бугров и Святослав Островский) и два представителя «Яндекса» (Аркадий Волож и Евгения Завалишина).
19 декабря 2012 г. в яндексовском блоге разъяснена ситуация и официальная позиция компании.