В янычарском корпусе имелись специальные казенные ружейные мастерские, где изготовлялись тюфенки — мушкеты. За работой этих мастерских следили особые янычарские офицеры — тюфенкчибаши. Злоупотребления коснулись в конце XVI в. и этой части янычарского корпуса. Автор «Мебде-и канун» пишет, что тюфенкчи занимались изготовлением и продажей на сторону изготовленного ими оружия. При этом над частными заказами они работали значительно усерднее и тщательнее, что заставило автора трактата о янычарах заметить: «…тюфенкчи надобно… изготавливать казенные ружья так же хорошо, как они [изготавливают] их для частных лиц»44
. По утверждению автора «Мебде-и канун», изготовлявшееся в янычарских мастерских оружие отличалось более высоким качеством, чем продукция частных ремесленников-оружейников, и потому пользовалось большим спросом. Ружья янычары получали при заступлении на действительную службу. Когда объявлялось выступление в поход, они выдавались офицерами — одабаши — согласно дефтерам.Офицерский состав янычарского корпуса, который должен был следить за дисциплиной и выучкой своих подчиненных, к концу XVI в. утратил свой былой авторитет среди рядовых янычар. За взятку получая повышение в звании и становясь офицерами, новоявленные одабаши, по возрасту еще совсем молодые люди, не могли рассчитывать на то, что им будут беспрекословно подчиняться опытные и заслуженные янычары («старики»), что создавало трудности при поддержании дисциплины среди янычар. Такие янычарские офицеры не имели должного авторитета и не могли заставить своих подчиненных выполнять свои распоряжения. Затевавшиеся янычарами бунты из-за жалованья или нежелания выступать в поход оставались по большей части совершенно безнаказанными. Офицеры не обладали реальной возможностью навести порядок среди своих подчиненных, и к концу XVI в. власти имели мало рычагов для того, чтобы заставить янычар действовать в интересах правительства.
Как правило, за бунты и непослушание янычар расплачивался своей должностью янычарский ага — глава корпуса. Янычарские ага перестали пользоваться достаточным авторитетом в янычарском войске с тех пор, как ими стали назначаться султанские дворцовые слуги (по принципу личной преданности). Янычары воспринимали своего высшего командира как некое чужеродное лицо, с которым их ничего не связывало по прежней службе. Янычарские ага приходили и уходили, часто сменяя друг друга, но никак не влияя на общее положение дел в янычарском корпусе. Собственно, пост янычарского аги являлся промежуточным на карьерном пути назначаемых, которые, как правило, становились затем румелийскими бейлербеями и т. д. и едва ли жалели, что покидают свою беспокойную и даже небезопасную должность.