В 2000 году на стол министра юстиции лёг отчёт специальной комиссии, которая пять лет занималась комплексным изучением проблем японской полиции. По мнению ведущего специалиста группы Ю. Нисимура, имевшаяся на тот момент «национальная база данных не выдерживает никакой критики, правоохранительная идеология безнадёжно устарела, а следователи сплошь и рядом оказываются своими злейшими врагами. Они привычно удерживают часть следственной информации вне протоколов и… даже не всегда владеют основами криминалистического анализа. Их необходимо обучить методам получения информации, воспроизводимым в любых условиях. Однако полицейские консервативны, и многие верят в старую систему». Хироси Кубо, автор нескольких монографий по проблемам японской полиции, подвёл неутешительный итог: «Проблемы, глубоко скрытые в недрах правоохранительной системы, начинают всплывать на поверхность. Если не принять мер, Японию ожидает кризис» (Wehrfritz, 20).
С тем, что проблемы скрыты действительно глубоко, криминалисты согласны. Силовые органы в Японии традиционно являются «священной коровой», вслух говорить о недостатках в их работе не принято. Правда, и особых поводов для этого, по крайней мере внешне, до недавнего времени было немного. По этой причине специалисты, изучающие работу правоохранительных органов, часто приходят к противоположным выводам. Д. Бэйли, эксперт по работе полиции (1991): «Если говорить в целом, то для страны, где критерием истины является консенсус большинства, действия японских полицейских выглядят на удивление благоприятно. По американским стандартам, число допускаемых ими нарушений невелико, и по содержанию они незначительны». X. Отиаи, журналист газеты
Дэвид Джонсон провёл в 2003 году исследование, в котором ставил задачу выявить и сравнить характер типичных нарушений, допускаемых в рабочее время американскими и японскими полицейскими, а также их отношение к этим нарушениям. Проведя анкетирование японских стражей порядка, он выяснил, что они гораздо непримиримее американцев относятся к тем нарушениям, которые в США принято считать незначительными. Например, получение время от времени мелких подарков от граждан, которым полицейский в чём-то помог по долгу службы. Зная о японских традициях внешней благопристойности
Говоря о системных проблемах японской полиции, Д. Джонсон приводит факты и свидетельства бывших полицейских, криминалистов и учёных, изучающих её деятельность. Он выделяет три главных аспекта. 1) Систематическое присвоение бюджетных средств за счёт их нецелевого использования (создание нелегальных фондов материального поощрения, несуществующие выплаты информаторам и помощникам, искажение финансовой отчетности и проч.). 2) Получение денежных средств по линии контроля за игорным бизнесом (выплаты в обмен на лицензирование игорных залов