Из-за неудачи по захвату Порт-Морсби, а также в связи с новым планом операции против о. Мидуэй и Алеутских о-вов проведение операции «FS» представлялось в самых общих чертах. Тем не менее подготовка к ней продолжалась. 18 мая был издан приказ о сформировании 17-й армии, командующим которой был назначен генерал-лейтенант Хякутакэ Харуёси. В тот же день командующий 17-й армией получил директиву Ставки следующего содержания: «17-й армии во взаимодействии с ВМС захватить важные районы на о. Новая Каледония, о-вах Фиджи и Самоа и Порт-Морсби». Такую же директиву получил главнокомандующий Объединенным флотом.
Замысел операции был таков: захватив указанные острова, усилить действия по нарушению коммуникаций между США и Австралией, вместе с этим заставить противника отказаться от планов контрнаступления с различных направлений. Для проведения операции выделяются: от сухопутных войск — силы из состава 17-й армии (три отряда общей численностью в три пехотных батальона); от военно-морских сил — 2-я дивизия крейсеров и 1-й воздушный флот. Отряд вторжения на о. Новая Каледония сосредоточивается в третьей декаде июня в Рабау-ле; отряды вторжения на о-ва Фиджи и Самоа — в первой декаде июля на о. Трук. Ориентировочное время начала операции — первая декада июля.
В связи с поражением японских вооруженных сил в третьей декаде июня у о. Мидуэй Ставка решила отложить операцию «FS» на два месяца. Силам, выделенным для участия в операции, был отдан приказ частично сосредоточиться на архипелаге Бисмарка, а главными силами — на о-вах Минданао и Палау.
4. Подробности принятия решения на операцию против о. Мидуэй и Алеутских о-вов
В начале апреля 1942 года военно-морской отдел Ставки неожиданно предложил военному отделу до проведения операции «FS» провести операцию по захвату о. Мидуэй и Алеутских о-вов и выделить для нее от армии один пехотный полк. Считая, что на изучение и подготовку любой операции требуется значительное время, оперативное управление генерального штаба высказало сомнение в том, что командование военно-морских сил действительно думает провести такую крупную операцию до операции «FS», которая должна была начаться примерно через два месяца. Кроме того, возникла мысль, не готовятся ли ВМС под видом действий против о. Мидуэй и Алеутских о-вов к захвату Гавайских о-вов, против чего армия категорически возражала. Оперативное управление морского генерального штаба разъяснило, что эта операция направлена только против о. Мидуэй, а захват Гавайских о-вов не предполагается.
Особенно настаивал на проведении операции против о. Мидуэй и Алеутских о-вов главнокомандующий Объединенным флотом адмирал Ямамото, которого впоследствии поддержал начальник морского генерального штаба Нагано.
В оперативном управлении генерального штаба даже высказывалась мысль об отказе сотрудничать с ВМФ и о том, чтобы предоставить проведение этой операции полностью на откуп флоту. Однако сотрудничество армии и флота осуществлялось с начала войны довольно гладко, поэтому, чтобы не вызывать трений, армейское командование в конечном счете согласилось с представленным планом операции. Оно, естественно, понимало необходимость проведения операции против Алеутских о-вов в целях укрепления обороны на северном фланге и нарушения связей между США и СССР. 5 мая Ставка в директиве главнокомандующему Объединенным флотом приказала во взаимодействии с армией захватить о. Мидуэй и важные острова в западной части Алеутской гряды. Для захвата о. Мидуэй выделялся отряд Икки (усиленный пехотный батальон 28-го пехотного полка), а для захвата Алеутских о-вов — 301-й отдельный пехотный батальон. Одновременно с этим в Ставке было утверждено центральное соглашение между армией и флотом относительно предстоящей операции.
В японском ВМФ широкое распространение получила стратегическая концепция о том, чтобы с началом войны, пока еще сохраняется равновесие сил, вступить в решающее сражение с главными силами американского флота. Отсюда следовало, что после достижения цели первого этапа войны, т. е. захвата богатых сырьем районов Южных морей, необходимо возможно скорее вступить в решающее сражение с американским флотом, нанести ему поражение и затем, сохраняя благоприятное для нас соотношение в силах, укрепить свое положение и ждать благоприятного развития международной обстановки, особенно военного положения в Европе. В частности, главнокомандующий Объединенным флотом Ямамото твердо отстаивал необходимость проведения решающего морского сражения в 1942 году.