Слухи, к несчастью, оправдались. Через два дня президент, переодевшись и смешавшись с толпой, в панике оставлявшей город, добрался до Данынуя, где скрылся на немецком торговом судне «Артур». Бегство президента усилило панику в Тайбэе и в Даныиуе. Между китайскими наемниками и ополченцами начались стычки. Когда стало известно, что Тан Цзинсун скрывается на немецком пароходе, форты Даныиуя открыли огонь по пароходу, но стоявшая рядом канонерка «Ильтис» ответным огнем заставила их замолчать.
К утру 4 июня на всем Тайване не было ни одного чиновника на своем посту, ни одного офицера во главе войск, ни один из двадцати тысяч солдат не находился в своей части. Власть закончилась, происходило вавилонское столпотворение. Законопослушные люди попали во власть пьяной разгульной солдатни. Мародеры грабили всех и все. Уже на следующий день Тайбэй являл собой картину полного запустения.
Цю Фынцзя пережил тяжелое разочарование. Лишь немногие его соратники вместе с ним ушли на юг, продолжать борьбу с японскими войсками. Столицей республики ими был назван город Тайнань в глубине острова, а президентом провозглашен законоучитель Лю Юнфу.
7 июня утром японские войска вышли к Тайбэю. К ним была послана депутация горожан и иностранных подданных, просивших скорее войти в город, поскольку они опасались повторения погромов и грабежей. На следующий день, в парадном строю с развернутыми знаменами гвардейская дивизия полк за полком вошла в Тайбэй. Весь северный Тайвань перешел под управление Японии.
Но центр и юг острова не собирались сдаваться без боя. Люди были готовы сражаться за свою республику даже голыми руками. Управление вооруженными силами в центре и на юге острова имело свои особенности. Здесь большую роль играл совещательный орган — управление обороны (чжоуфан-чу), где вопросы обороны принимались после обсуждения с лидерами различных сословий.
К середине июня здесь действовали три вида воинских соединений. Из отступивших сюда в беспорядке частей хубэйской армии, откатившихся с Севера, под командованием оставшихся офицеров были укомплектованы регулярные подразделения, получившие название новохубэйской армии. Всего в этой армии было 14 батальонов, около 7 000 человек.
Отряды местных добровольцев, которые ранее находились под командованием Линь Чаодуна, были значительно пополнены новобранцами, сохраняли высокую боеготовность и дисциплину.
Отряды под командованием Цю Фынцзя — состоявшие в значительной своей части из аборигенов, некитайцев. С ним вместе были готовы сражаться «Черные знамена».
Однако единство между ними было кажущимся. Новохубэйская армия продолжала оставаться верной Цинской династии, — партизаны под командованием молодых тайваньских патриотов и слышать об этом не хотели. Аборигены были готовы воевать со всеми, кто попытался бы навязать им свои обычаи и ценности. Однако летом 1895 года все эти вооруженные отряды были готовы воевать против японцев, на время забыв о противоречиях.
Стычки с японскими войсками в центре и на юге острова продолжались все лето, до конца августа. Оборона Синьчжу, о которой известно очень немного, длилась весь июль, японцы понесли там значительные потери и убитыми, и больными. Мороз в Маньчжурии лишил 1-ю армию боеготовности — малярия косила солдат гвардейской дивизии. Продвижение вглубь острова приостановилось. Более 4-х тысяч солдат, специально прибывших из Японии, были брошены в карательные экспедиции. Деревни выжигались дотла, жестокость солдат по отношению к мирному населению была невероятной. Но население продолжало сопротивляться.
Только к 31 июля главный штаб японских войск был переведен из Тайбэя в Синьчжу, после чего началось наступление на Мяоли. С моря был высажен десант, с помощью которого японцы взяли укрепленную позицию Цзянбиньшань. Вглубь острова они углубляться не рисковали, поскольку партизаны не переставали нападать, особенно по ночам. Движение на юг можно было осуществлять только под прикрытием корабельной артиллерии. Господствующие высоты у Хоулуна были взяты японцами 11 августа. Началось сражение за Мяоли. Через четыре дня китайцы отступили на оборонительные рубежи у Чжанхуа. Жители города ушли за войсками, в Мяоли не осталось ни одного человека.
Чжанхуа, первый город, основанный китайцами на Тайване, откуда начиналась вся китайская колонизация острова, тайваньцы собирались оборонять изо всех сил.
Используя толстые бамбуковые плетенки, непроницаемые для пуль, партизаны и ополченцы создавали передвижные заграждения вокруг деревень, не давая японцам двигаться вперед. Только артиллерия могла разбить эти заграждения. Японские войска то и дело попадали в засаду, несли потери от нападений с тыла. Это была война, совсем не похожая ни на войну в Корее, ни на войну в Китае.
Тем не менее, лучшее вооружение и грамотное командование помогали японским войскам побеждать. 24 августа, после мощной артиллерийской подготовки, японцы взяли Хулудун, расположенный на пути к Чжанхуа, через два дня пал Тайваньфу.