Одержав победу, Токугава покарал лишь немногих. Большинство из побежденных до поры до времени оставались на свободе, стекаясь ко двору Тоётоми Хидэёри — наследника своего отца. Тем не менее, Токугава нашел гораздо более сильный инструмент для подчинения себе оставшихся противников и ослабления непримиримых: в 1600–1602 годах он осуществил колоссальную конфискацию земель у даймё, которые выступали против него, в том числе и в битве при Сэкигахара. Они либо изгонялись со своих земель безо всякой компенсации, либо переселялись к чёрту на кулички, где никак не могли создать коалиции и посему никакой опасности собой не представляли. Этих даймё впоследствии стали называть тодзама-даймё: ненадежные дайме.
Отнятые земли Токугава щедро раздавал своим сторонникам и возможным сторонникам. В период 1600–1602 год более половины княжеств Японии сменили владельцев. Все награжденные или «расширенные» даймё стали реальной силой поддержки Токугава, поскольку именно ему были обязаны своим возвышением.
Вместе с тем возникло множество бродячего люда, который не знал, куда себя деть. Хрониками того времени упомянуто несколько довольно заметных столкновений различных разбойных группировок в крупных городах Японии. Вновь укреплявшиеся в своих доменах даймё вполне могли стать новой разрушительной силой, способной ввергнуть Японию в очередной хаос гражданской войны — ведь, перерераспределив имущество и земли, Токугава Иэясу так и не решился на упразднение княжеств как таковых, и Япония, как и прежде, напоминала собой разноцветное одеяло, сшитое из множества лоскутков. Зыбкий мир необходимо было зафиксировать и закрепить. В 1603 году, в двенадцатый день Второго месяца по японскому календарю, посланец Небесного Владыки из Киото прибыл в Фусими — родовой замок клана Токугава. Со всей присущей случаю церемониальной пышностью они известили Токугава Иэясу о том, что императорским эдиктом он назначен сёгуном Японии. Так, более чем через двадцать лет после низложения последнего Асикага, в стране появился новый сёгун, который вознес сёгунат до вершин могущества и основал династию, представитель которой волею судеб станет последним сёгуном в японской истории.
В основе нового сёгуната лежали два краеугольных камня: непреодолимая военная мощь (Токугава на собственные средства и под свое имя мог собрать самую многочисленную армию в стране), а также бесспорное монопольное право династии на должность сёгуна. Для реализации этого далеко идущего проекта Токугава формально отказался от должности уже в 1605 году, предварительно согласовав с императором назначение на эту должность своего сына Хитэгада. Но еще десять лет Токугава был фактическим властителем страны и ее главным военачальником. За год до смерти он совершил свой последний военный поход — в Осака, где погибли последние возможные конкуренты в борьбе за власть — сын и внук Тоётоми. Четырнадцати последующим сёгунам Токугава был дан зеленый свет во власть…
Первые шаги сёгуна были весьма специфическими. Маленькую деревушку Эдо он решил превратить в свою столицу: на громадные по масштабу строительные работы были согнаны тысячи людей со всей Японии. Именно сюда, в новую сёгунскую столицу начали прибывать даймё, дабы выразить свою лояльность новому властителю: пример подал богатейший Маэда Тосинага (1200 тыс. коку риса в год), за ним последовали и другие. Вскоре Токугава ввел постоянное присутствие даймё в Эдо в обязанность — дабы были под присмотром. Каждый даймё обязан был год жить в столице, год — у себя в поместье, оставив в качестве заложника кого-нибудь из своей семьи. Система, получившая название санкин-котай, заложничество, просуществовала до самого краха сёгуната.