Ситуация, сложившаяся к началу двадцатых годов, вынуждала сёгуна вести крайне гибкую политику. Необходимым условием стабильного управления становилось долговременное и многоуровневое сотрудничество со всеми влиятельными и авторитетными группировками и элитами: императорской семьей, буддийским духовенством, многочисленными даймё. Император был единственным источником легитимности любой власти, поэтому всячески поддерживать престиж императорского дома становилось для сёгуна задачей номер один. Буддийские секты, имевшие громадное влияние в обществе, прекрасную внутреннюю организацию и собственные источники дохода, представляли собой наиболее мощную идеологическую силу в стране. Наконец, даймё, жившие в своих доменах, являлись главным мобилизационным резервом и основными налогоплательщиками в стране: малейший намек на угрозу их благополучию мог послужить началом их стремительного объединения против носителя этой угрозы. С другой стороны, и двор, и духовенство, и многочисленные даймё постоянно нуждались в реальном гаранте силы и государственной стабильности: сёгун на эту роль подходил как нельзя лучше.
Найдя позицию устойчивого равновесия, обе ветви власти — сёгунат и император — принялись каждый за свое дело. В результате к середине XVII века в Японии был создан громоздкий, но достаточно эффективный аппарат государственного управления и местного самоуправления.
Императорский двор занимался главным образом вопросами ритуального и религиозного характера. Император очень скоро стал фигурой сакральной, а его деятельность всячески отгораживали от реальных дел и государственной политики.
Аппарат сёгуна представлял собой строгую иерархическую структуру, на каждом уровне которой осуществлялась своя деятельность и определялась своя ответственность. Государственный аппарат сёгуна состоял главным образом из фудаи-даймё, которые назначались на должность по рекомендации и имели реальный шанс на карьерный рост. Значительная часть самураев занималась несением гарнизонной службы и составляла мобилизационный резерв первой очереди. Однако наступивший в стране мир и отсутствие всякой внешней угрозы, особенно после того, как Япония объявила о самоизоляции, вынуждал самураев менять мечи на счеты купца или веер монаха.
Областное управление сосредотачивалось в руках даймё, однако сёгун удерживал под своим началом достаточно разветвленный административный аппарат. Даймё имели под своим командованием внушительные вооруженные отряды, а наиболее состоятельные из них — целые армии, которые должны были выступать на войну по распоряжению сёгуна. Хотя войн больше не было, поддержание «назначенной боевой готовности» занимало время, каковое могло быть задействовано для дел неблагих и недостойных. Муниципальное управление в городах осуществляли градоначальники, именовавшиеся матибугё, областное — старшины (матидосиёри) и городские головы (нануси). Поскольку сами самураи и тем более даймё хозяйством не занимались, главным звеном экономического управления страны по определению становилась сельская администрация.
Сельской общиной управлял коллективный орган, именовавшийся муракатосаняку, в состав которого входили избранные старосты нануси и хакусёседай, то есть сельские советники. Зачастую эти должности становились наследственными. Их значение в системе экономики было огромным: именно они определяли размер урожая риса, то есть размер государственного натурального налога. Можно сделать вывод, что сельские общины пользовались достаточной автономией.
Японскую историю во многом определил период самоизоляции страны от внешнего мира — этот шаг был осуществлен как мера вынужденная, и причин тому несколько.
Основная причина — экономическая. Отрицательный баланс внешней торговли страны, сложившийся уже к началу двадцатых годов, истощал финансовые ресурсы Японии. В то время здесь добывалось значительное количество серебра. А португальцы ежегодно вывозили на своих кораблях в Макао не менее двадцати тонн этого металла. Позднее один из иностранных очевидцев писал: «Если бы португальцы продолжали торговать с Японией на протяжении еще двадцати лет, то из этого Офира в Макао были бы вывезены такие сокровища, какие были только в Иерусалиме во времена Соломоновы…».